See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2024-04-08 11:57:14 -0400 (Mon, 08 Apr 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (57050)
2GenomeInfoDb (54628)
3BiocGenerics (54001)
4S4Vectors (53516)
5IRanges (49548)
6zlibbioc (47963)
7Biobase (46235)
8XVector (46166)
9Biostrings (43490)
10DelayedArray (42717)
11BiocParallel (42048)
12GenomicRanges (40529)
13MatrixGenerics (38511)
14SummarizedExperiment (36971)
15AnnotationDbi (36676)
16KEGGREST (34733)
17limma (31329)
18S4Arrays (30534)
19BiocFileCache (24586)
20biomaRt (23900)
21Rhtslib (23355)
22GenomicAlignments (23274)
23Rsamtools (22388)
24Rhdf5lib (22376)
25edgeR (22239)
26DESeq2 (20645)
27rtracklayer (20598)
28rhdf5 (19561)
29ggtree (19316)
30treeio (19150)
31GenomicFeatures (19146)
32rhdf5filters (18831)
33BiocIO (18554)
34annotate (18396)
35graph (18058)
36enrichplot (17105)
37SparseArray (16981)
38clusterProfiler (16789)
39DOSE (16494)
40qvalue (16457)
41GOSemSim (16066)
42fgsea (16030)
43DelayedMatrixStats (15661)
44beachmat (15050)
45sparseMatrixStats (14907)
46SingleCellExperiment (14387)
47preprocessCore (14023)
48ComplexHeatmap (13361)
49genefilter (13017)
50BSgenome (13012)
51HDF5Array (12007)
52multtest (11976)
53BiocSingular (11583)
54ScaledMatrix (11514)
55ProtGenerics (11366)
56AnnotationHub (10348)
57impute (10153)
58interactiveDisplayBase (10109)
59AnnotationFilter (9957)
60BiocNeighbors (9848)
61ensembldb (9700)
62Rgraphviz (9695)
63scuttle (9559)
64RBGL (9345)
65VariantAnnotation (9150)
66GEOquery (8798)
67geneplotter (8547)
68GSEABase (8373)
69affy (8317)
70affyio (8196)
71ExperimentHub (7151)
72sva (6905)
73scater (6577)
74BiocStyle (6210)
75ShortRead (6113)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

0

00TABLE (1)

1

1imma (1)

A

a4 (68)
a4Base (123)
a4Classif (96)
a4Core (142)
a4Preproc (162)
a4Reporting (106)
ABAData (1)
ABAEnrichment (8)
abaenrichment (0)
ABarray (60)
abc (1)
abc.data (0)
abe (0)
abind (1)
abseqR (49)
ABSOLUTE (0)
ABSSeq (97)
acde (64)
ACE (79)
acepack (2)
aCGH (177)
ACME (70)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
ADaCGH2 (55)
ADAM (106)
ADAMgui (86)
adaptest (4)
AdaptGauss (0)
adductData (1)
adductomicsR (51)
ade4 (3)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (66)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (29)
admixtools (0)
ADMM (1)
adSplit (56)
adverSCarial (22)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (51)
affxparser (1601)
affy (8317)
affycomp (84)
AffyCompatible (21)
affyContam (82)
affycoretools (378)
affydata (1)
AffyExpress (7)
affyILM (51)
affyio (8196)
affylmGUI (64)
affyPara (8)
affypdnn (7)
affyPLM (1285)
affyplm (0)
affyQCReport (12)
AffyRNADegradation (48)
AffyTiling (4)
AGDEX (55)
aggregateBioVar (61)
aggregation (0)
AGHmatrix (1)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (91)
AgiMicroRna (126)
agricolae (6)
AHMassBank (39)
AICcmodavg (1)
AIMS (410)
AIPW (1)
airpart (49)
airr (1)
airway (1)
akima (1)
alabama (1)
alabaster (40)
alabaster.base (195)
alabaster.bumpy (73)
alabaster.files (21)
alabaster.mae (79)
alabaster.matrix (166)
alabaster.ranges (153)
alabaster.sce (98)
alabaster.schemas (188)
alabaster.se (159)
alabaster.spatial (73)
alabaster.string (82)
alabaster.vcf (73)
alakazam (1)
ald (1)
ALDEx2 (1148)
aldvmm (1)
alembic (1)
alevinQC (73)
AlgDesign (1)
alkahest.generic (1)
ALL (10)
AllelicImbalance (80)
alluvial (1)
almanac (1)
AlphaBeta (48)
alphahull (1)
AlphaMissenseR (3)
alphashape3d (1)
alpine (49)
ALPS (4)
AlpsNMR (57)
alr4 (1)
alsace (8)
altair (1)
altcdfenvs (92)
amap (1)
AMARETTO (116)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AMOUNTAIN (89)
amplican (68)
ampliQueso (5)
AnalysisPageServer (4)
anamiR (5)
Anaquin (53)
ANCOMBC (1174)
AneuFinder (79)
aneufinder (1)
AneuFinderData (0)
aneufinderdata (1)
ANF (42)
angrycell (1)
animalcules (105)
animation (2)
annaffy (254)
AnnBuilder (2)
annbuilder (0)
anndata (1)
annmap (107)
annotate (18396)
annotation (1)
AnnotationDbi (36676)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (9957)
AnnotationForge (2517)
AnnotationFuncs (10)
AnnotationHub (10348)
AnnotationHubData (339)
annotationTools (116)
annotatr (445)
anota (71)
anota2seq (66)
anRichment (1)
anticlust (1)
antiProfiles (59)
AnVIL (605)
AnVILBilling (52)
AnVILPublish (46)
AnVILWorkflow (35)
anytime (4)
aod (1)
APAlyzer (60)
apcluster (1)
apComplex (52)
APCtools (1)
ape (13)
apeglm (3322)
apexcharter (1)
APL (111)
aplot (29)
appgen (1)
applera (1)
appreci8R (89)
aqp (1)
archive (1)
ArchR (1)
argparse (9)
argus.DS.Credentials (2)
argusDS.apc.utils (2)
argusDS.backtesting.engine (2)
argusDS.data (1)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (3)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (1)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (2)
argusDS.FCUtilities (1)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (2)
argusDS.gamlss.modelling (2)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (2)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (2)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (1)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (2)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (1)
argusDS.Studio.utils (2)
argusDS.tabulator (1)
argusDS.trading.optimization (0)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (7)
aroma.apd (7)
aroma.core (8)
aroma.light (1908)
ArrayExpress (415)
arrayexpress (1)
ArrayExpressHTS (12)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (2)
arrayMvout (44)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (83)
arrayQualityMetrics (493)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (9)
ArrayTV (7)
ARRmData (1)
ARRmNormalization (48)
arrow (15)
arsenal (1)
artMS (66)
arules (21)
ArvadosR (1)
ASAFE (50)
ASCAT (0)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (53)
ASExtras4 (0)
ASGSCA (57)
ash (6)
ashr (2)
asht (1)
ASICS (73)
AsioHeaders (3)
askpass (141)
asmn (2)
asnipe (0)
ASpediaFI (9)
ASpli (90)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive.properties (10)
assertive.types (10)
assertr (2)
assertthat (2)
AssessORF (47)
ASSET (99)
ASSIGN (87)
AssotesteR (1)
astsa (1)
ASURAT (57)
ATACCoGAPS (37)
ATACseqQC (322)
ATACseqTFEA (51)
ATE (1)
atena (108)
AtlasRDF (4)
ATR (1)
atSNP (56)
attachment (4)
attempt (1)
attract (54)
AUC (1)
AUCell (2100)
audio (1)
audited (1)
autonomics (52)
Autotuner (4)
av (1)
ava2 (1)
AWFisher (51)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (6)
aws.signature (5)
awsMethods (1)
awst (50)
azcore (1)
Azimuth (1)
AzureAuth (1)
AzureGraph (3)
AzureRMR (4)
AzureStor (1)

B

BaalChIP (56)
babelgene (3)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
babynames (1)
BAC (20)
backports (64)
bacon (93)
bacr (0)
BADER (63)
badger (0)
BadRegionFinder (45)
BAGS (47)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (1)
ballgown (635)
bambu (257)
bamsignals (1086)
BANDITS (99)
bandle (52)
Banksy (3)
banocc (66)
barcodetrackR (47)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base64 (2)
base64enc (2)
base64url (1)
basecallQC (57)
basefun (1)
basemaps (1)
BaseSpaceR (60)
Basic4Cseq (51)
BASiCS (154)
BASiCStan (45)
BasicSTARRseq (53)
basilisk (4572)
basilisk.utils (4174)
batchelor (3727)
BatchJobs (1)
BatchQC (97)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (1)
BayesFM (1)
BayesianTools (0)
BayesKnockdown (45)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
BayesPeak (9)
bayespeak (0)
BayesPen (0)
bayesplot (9)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
BayesSpace (211)
bayestestR (2)
BayesX (1)
bayNorm (74)
baySeq (370)
bayseq (0)
BB (1)
BBCAnalyzer (47)
BBmisc (1)
bbmle (6)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
BCEE (0)
bcellViper (1)
bcp (1)
BCRANK (56)
bcSeq (52)
BDgraph (0)
BDMMAcorrect (34)
bdsmatrix (4)
beachmat (15050)
beachmat.hdf5 (33)
beadarray (700)
beadarraySNP (50)
BeadDataPackR (668)
BeadExplorer (2)
beanplot (1)
BEARscc (45)
BEAT (47)
BEclear (59)
bedr (0)
beepr (1)
beer (52)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (72)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBox (0)
berryFunctions (1)
BERT (3)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
betaHMM (3)
betareg (1)
betr (6)
bettr (1)
BeviMed (0)
bezier (1)
BG2 (37)
bgafun (6)
BgeeCall (48)
BgeeDB (109)
BGLR (1)
BGmix (31)
bgx (51)
BH (137)
BHC (86)
BIApylon (1)
BiasedUrn (11)
BIAutils (1)
bibtex (1)
BicARE (125)
biclust (1)
bife (1)
BiFET (49)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (1)
BiGGR (56)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (1)
biglmm (1)
bigmelon (51)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (9)
bigparallelr (1)
bigPint (45)
bigreadr (0)
bigrquery (13)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (8)
bim (1)
BiMax (1)
BindingSiteFinder (54)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (1)
binom (1)
binr (0)
bio3d (3)
bioassayR (55)
biobank (1)
Biobase (46235)
biobase (1)
BioBase (1)
biobroom (171)
biobtreeR (52)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
bioCancer (62)
BioCartaImage (19)
BiocBaseUtils (4864)
BiocBook (22)
BiocBookDemo (2)
BiocCaseStudies (7)
BiocCheck (1572)
biocDatasets (2)
BiocDockerManager (33)
BiocFHIR (42)
BiocFileCache (24586)
BiocGenerics (54001)
BioCGenerics (0)
biocGraph (153)
BiocHail (33)
BiocHubsShiny (71)
BiocInstaller (523)
biocinstaller (1)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (18554)
BiocManager (165)
biocmanager (1)
BiocNeighbors (9848)
biocneighbors (1)
BiocOncoTK (67)
Bioconductor (1)
bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (0)
BioCor (76)
BiocParallel (42048)
BiocPkgTools (160)
biocroxytest (1)
BiocSet (240)
BiocSingular (11583)
BiocSklearn (62)
BiocStyle (6210)
biocthis (215)
BiocVersion (57050)
Biocversion (1)
biocversion (1)
biocViews (4201)
BiocWorkflowTools (172)
biodb (183)
biodbChebi (76)
biodbExpasy (43)
biodbHmdb (55)
biodbKegg (62)
biodbLipidmaps (43)
biodbMirbase (39)
biodbNcbi (45)
biodbNci (41)
biodbUniprot (46)
bioDist (243)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
biom (0)
biomanager (1)
biomaRt (23900)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (2)
biomformat (5296)
BioMM (31)
BioMVCClass (45)
biomvRCNS (33)
BioNAR (53)
BioNERO (228)
BioNet (258)
BioNetStat (66)
BioPlex (3)
BioQC (111)
BioSeqClass (9)
biosigner (74)
biostat3 (1)
biostatR (1)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (43490)
biostrings (0)
biosvd (6)
BioTIP (66)
biotmle (56)
biotools (1)
BioVersion (0)
biovizBase (5445)
BiplotML (1)
BiRewire (109)
birta (9)
birte (3)
biscuiteer (53)
biscuiteerData (1)
BiSeq (132)
bit (53)
bit64 (10)
bitops (7)
BitSeq (16)
bizdays (2)
bkbutils (1)
blacksheepr (49)
bladderbatch (1)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (46)
BLMA (58)
blme (6)
blob (111)
blockcluster (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (117)
bluster (4614)
BMA (1)
bmcite.SeuratData (1)
BMisc (1)
BMix (0)
bmp (1)
bnbc (103)
bnem (46)
bnlearn (1)
BOBaFIT (51)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (33)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (38)
bootstrap (1)
borealis (40)
Boruta (0)
botor (1)
box (7)
bpcp (1)
BPRMeth (82)
BradleyTerry2 (1)
BRAIN (96)
brainflowprobes (45)
brainImageR (2)
BrainSABER (8)
BrainStars (6)
branchpointer (65)
brave (1)
breakpointR (58)
breakpointRdata (1)
brendaDb (43)
brew (76)
BRGenomics (144)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (1)
brickster (1)
bridge (11)
BridgeDbR (77)
bridgedist (0)
bridgesampling (1)
brio (47)
brms (1)
brmsmargins (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (110)
broom.helpers (3)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (162)
BrowserVizDemo (2)
bs4Dash (9)
BSgenome (13012)
bsgenome (0)
BSGenome (1)
BSgenome.Celegans.UCSC.ce2 (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (5)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (6)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (10)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (6)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
BSgenomeForge (73)
BSgenomes (1)
bsicons (2)
bslib (217)
bsplus (1)
bsseq (1368)
bst (0)
bsts (1)
btergm (1)
BubbleTree (56)
BuenColors (1)
BufferedMatrix (88)
BufferedMatrixMethods (47)
bugsigdbr (159)
BUMHMM (42)
bumphunter (2592)
BumpyMatrix (497)
BUS (46)
BUScorrect (43)
BUSpaRse (185)
BUSseq (44)
butcher (2)
bvls (1)
BWStest (1)

C

C50 (1)
ca (4)
CAbiNet (0)
cache (1)
cachem (149)
CaDrA (21)
CAEN (39)
CAFE (55)
CAGEfightR (141)
cageminer (45)
CAGEr (100)
cAIC4 (1)
Cairo (11)
CALIB (7)
calib (0)
calibrate (1)
callr (102)
callthat (1)
calm (46)
CAM (1)
CAMERA (469)
campsis (1)
campsismod (1)
CAMTHC (3)
CaMutQC (1)
canceR (69)
cancerclass (67)
CancerInSilico (16)
CancerMutationAnalysis (7)
CancerSubtypes (126)
CAnD (6)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caOmicsV (4)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (64)
carData (2)
cardelino (52)
Cardinal (150)
CardinalIO (83)
caret (59)
caretEnsemble (1)
CARNIVAL (158)
carrier (1)
casebase (1)
casper (48)
castor (1)
CATALYST (431)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1856)
category (0)
categoryCompare (53)
caTools (3)
CATT (1)
causaldata (1)
CausalR (63)
cba (1)
cbaf (49)
CBEA (99)
cBioPortalData (430)
CBNplot (116)
cbpManager (47)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (9)
ccdrAlgorithm (1)
ccfindR (84)
ccImpute (42)
ccmap (72)
CCPlotR (25)
CCPROMISE (52)
ccrepe (81)
ccube (0)
CDI (18)
cdip.datastore (1)
CDr (0)
celaref (61)
celda (589)
CellaRepertorium (55)
CellBarcode (52)
cellbaseR (61)
CellBench (121)
CellChat (1)
celldex (1)
cellGrowth (6)
cellHTS (5)
cellHTS2 (175)
CelliD (239)
cellity (55)
CellMapper (53)
cellmigRation (47)
CellMixS (75)
CellNOptR (157)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (42)
CellScore (44)
CellTrails (49)
cellTree (12)
cellxgene.census (1)
cellxgenedp (106)
cem (1)
CEMiTool (124)
censcyt (51)
censored (0)
censReg (1)
Cepo (163)
ceRNAnetsim (49)
CeTF (68)
CexoR (46)
CFAssay (51)
cfdnakit (24)
cfDNAPro (48)
cfTools (36)
cgam (1)
cgdsr (1)
CGEN (60)
CGHbase (405)
CGHcall (372)
cghFLasso (0)
cghMCR (53)
CGHnormaliter (48)
CGHregions (64)
ChAMP (561)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
chanmetab (1)
CHARGE (4)
charm (7)
checkmate (122)
checkr (1)
ChemmineOB (325)
ChemmineR (913)
chemometrics (1)
CHETAH (93)
ChIC (23)
Chicago (90)
chihaya (49)
chimera (8)
chimeraviz (95)
ChIPanalyser (45)
ChIPComp (54)
chipenrich (147)
ChIPexoQual (49)
ChIPpeakAnno (920)
chippeakanno (0)
ChIPQC (310)
ChIPseeker (1709)
chipseeker (1)
chipseq (560)
ChIPseqR (69)
ChIPSeqSpike (7)
ChIPsim (73)
ChIPXpress (86)
chk (3)
chopsticks (86)
CHORD (0)
choroplethr (1)
chroGPS (6)
chromDraw (46)
ChromHeatMap (115)
chromote (5)
ChromoViz (2)
chromPlot (125)
ChromSCape (59)
chromstaR (79)
chromstaRData (1)
chromswitch (28)
chromVAR (1054)
chron (3)
CHRONOS (48)
cibersort (1)
cicero (209)
CIMICE (45)
CINdex (63)
cindex (0)
circlesize (0)
circlize (22)
circRNAprofiler (58)
CircSeqAlignTk (42)
circular (0)
cisPath (51)
CiteFuse (88)
Ckmeans.1d.dp (1)
clariomdhumancdf (1)
class (75)
ClassDiscovery (1)
ClassifyR (254)
classInt (28)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (91)
cleaver (175)
clevRvis (43)
cli (219)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (48)
clipper (86)
clipr (37)
cliProfiler (44)
cliqueMS (104)
clisymbols (1)
clock (27)
Clomial (50)
Clonality (27)
clonotypeR (9)
clst (81)
clstutils (50)
clubSandwich (1)
clue (33)
CluMSID (57)
ClustAll (0)
clustComp (57)
cluster (87)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (343)
clusterexperiment (1)
ClusterFoldSimilarity (3)
clusterGeneration (3)
ClusterJudge (52)
clustermq (3)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (16789)
clusterprofiler (1)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterRepro (0)
clusterSeq (29)
ClusterSignificance (53)
clusterSim (1)
clusterStab (69)
clusthaplo (0)
clustifyr (128)
ClustIRR (19)
clustMixType (1)
clustree (1)
clv (1)
clValid (1)
CMA (102)
cmapR (385)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (1)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (51)
cn.mops (240)
CNAnorm (51)
CNAqc (0)
CNEr (2949)
CNORdt (49)
CNORfeeder (51)
CNORfuzzy (51)
cNORM (0)
CNORode (73)
CNPBayes (4)
CNTools (118)
cntools (0)
CNVfilteR (47)
CNVgears (34)
cnvGSA (52)
CNViz (44)
CNVMetrics (43)
CNVPanelizer (55)
CNVRanger (113)
CNVrd2 (46)
CNVtools (6)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (6)
cobs (1)
CoCiteStats (41)
COCOA (53)
coda (9)
coda.base (1)
codelink (61)
codetools (32)
CODEX (97)
coexnet (11)
CoGAPS (227)
cogena (78)
cogeqc (61)
Cogito (41)
coGPS (50)
COHCAP (61)
coin (1)
cola (121)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (0)
colMeans (1)
coloc (15)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (9)
colorspace (49)
colortools (1)
colourpicker (8)
colourvalues (1)
cols4all (0)
comapr (52)
combi (50)
combinat (1)
coMET (83)
coMethDMR (47)
ComICS (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (140)
compareDF (1)
compareGroups (1)
compartmap (33)
COMPASS (61)
compcodeR (72)
compEpiTools (58)
CompGO (6)
compiler (1)
ComplexHeatmap (13361)
complexheatmap (1)
compositions (2)
CompoundDb (332)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (44)
compSPOT (16)
compute.es (1)
concaveman (1)
conclus (8)
concordexR (60)
condcomp (2)
condiments (74)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESS (47)
config (17)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (11)
confoundr (1)
connectwidgets (1)
conquer (2)
consensus (50)
ConsensusClusterPlus (2890)
consensusClustR (1)
consensusDE (53)
consensusOV (90)
consensusSeekeR (93)
consICA (103)
consort (1)
ConsRank (1)
CONSTANd (50)
contfrac (1)
contiBAIT (44)
conumee (142)
convert (135)
coop (1)
copa (46)
COPDSexualDimorphism (2)
copula (2)
CopyhelpeR (1)
copykat (1)
copynumber (160)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (135)
CopywriteR (22)
coRdon (163)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (50)
CoreGx (319)
Cormotif (44)
CorMut (6)
coRNAi (6)
corncob (1)
coro (1)
corpcor (2)
corpora (1)
corral (70)
correlation (1)
CORREP (54)
corrplot (2)
corrr (1)
coseq (101)
COSG (1)
CoSIA (42)
cosmiq (46)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (64)
COSNet (54)
COTAN (68)
CountClust (7)
countrycode (10)
countsimQC (138)
covEB (43)
coveffectsplot (1)
CoverageView (58)
coverageview (1)
covr (59)
covRNA (45)
CovSel (0)
cowplot (44)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (1)
cpm (1)
cpp11 (176)
cpvSNP (47)
cqn (262)
cranlogs (1)
crayon (94)
crch (1)
createKEGGdb (1)
creatr (1)
credentials (32)
crew (2)
crew.cluster (1)
CRImage (62)
CRISPR.shinyapp (1)
CRISPRball (3)
crisprBase (137)
crisprBowtie (130)
crisprBwa (55)
crisprDesign (110)
crisprScore (141)
CRISPRseek (134)
crisprseekplus (28)
crisprShiny (1)
CrispRVariants (131)
crisprVerse (57)
crisprViz (98)
crlmm (214)
crop (1)
crossdes (1)
CrossICC (2)
crossmatch (1)
crossmeta (123)
crosstable (1)
crosstalk (116)
crrri (0)
crrry (0)
crul (7)
CSAR (69)
csaw (535)
csawBook (4)
csdR (42)
csSAM (0)
CSSP (36)
CSSQ (42)
csv (1)
ctc (265)
CTdata (41)
CTDquerier (45)
CTexploreR (3)
ctgGEM (4)
ctmle (0)
cTRAP (51)
ctree (0)
ctsGE (47)
CTSV (44)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (222)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (27)
curatedMetagenomicData (0)
curatedTCGAData (1)
curl (313)
customCMPdb (46)
customProDB (66)
cvar (1)
cvAUC (1)
CVE (4)
cvms (1)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cyanoFilter (41)
cycle (43)
cyclocomp (15)
cydar (74)
cyphr (1)
cypress (0)
CytoDx (56)
cytofast (5)
cytofit (1)
cytofkit (22)
CyTOFpower (46)
cytofQC (40)
CytoGLMM (86)
cytoKernel (40)
cytolib (2660)
cytomapper (283)
CytoMDS (1)
cytoMEM (83)
CytoML (464)
CytoPipeline (76)
CytoPipelineGUI (16)
CytoTRACE (1)
CytoTree (17)
cytoviewer (78)

D

D0.db (0)
D2C (1)
d3Network (0)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (2149)
dae (1)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (61)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (52)
DAMEfinder (48)
DaMiRseq (96)
DAPAR (115)
dar (2)
DART (59)
DASC (1)
DASiR (4)
dasnormalize.iomel (1)
dasper (25)
dastools (1)
data.table (166)
data.tree (10)
DatabaseConnector (1)
DataEditR (1)
DataExplorer (1)
datamods (6)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
DataVisualizations (0)
datawizard (4)
date (1)
DAVIDQuery (4)
dbaccess (1)
dbarts (1)
DBChIP (9)
DBI (131)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (125)
dbscan (4)
dbx (7)
dcanr (114)
DCATS (26)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
dce (58)
dcGSA (46)
DChIPRep (5)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (83)
ddgraph (5)
ddPCRclust (55)
deal (0)
dearseq (166)
debCAM (57)
debrowser (167)
debugme (1)
DECIPHER (2661)
decipher (1)
DecisionCurve (1)
deco (9)
DEComplexDisease (10)
decompTumor2Sig (110)
DeconRNASeq (205)
deconstructSigs (1)
decontam (1582)
decontX (61)
deconvR (54)
decor (1)
decoupleR (957)
DEDS (6)
Deducer (1)
DeepBlueR (48)
DeepPINCS (74)
deepregression (1)
deepSNV (138)
deeptime (1)
DEFormats (252)
DegCre (1)
DegNorm (52)
DEGraph (54)
degraph (0)
degreenet (1)
DEGreport (548)
DEGseq (154)
degseq (0)
Delaporte (1)
DelayedArray (42717)
DelayedDataFrame (53)
DelayedMatrixStats (15661)
DelayedRandomArray (80)
DelayedTensor (41)
deldir (39)
DELocal (40)
deltaCaptureC (46)
deltaGseg (48)
DeMAND (52)
DeMixT (87)
demuxmix (202)
demuxSNP (25)
dendextend (58)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (6)
densityClust (1)
densvis (3238)
DEoptim (1)
DEoptimR (22)
DEP (464)
DepecheR (161)
DepInfeR (41)
DeProViR (2)
DEqMS (208)
derfinder (551)
derfinderHelper (551)
derfinderPlot (132)
Deriv (1)
desc (115)
DEScan2 (52)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (16)
DESeq (219)
deseq (0)
DESEQ (1)
DESeq2 (20645)
deseq2 (1)
designmatch (1)
DEsingle (247)
deSolve (53)
DESpace (44)
destiny (683)
DEsubs (51)
devEMF (1)
devtools (55)
devutils (1)
DEWSeq (53)
DEXICA (0)
DExMA (57)
DEXSeq (1444)
dexus (9)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (43)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (4)
DiagrammeRsvg (1)
DIAlignR (50)
dials (9)
DiceDesign (5)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (2)
did (1)
DiffBind (1005)
diffcoexp (156)
diffcyt (302)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (45)
diffGeneAnalysis (48)
diffHic (95)
DiffLogo (64)
diffloop (28)
diffobj (3)
diffuStats (59)
diffUTR (40)
diffviewer (1)
digest (263)
diggit (45)
dimRed (1)
Dino (48)
dinoR (1)
diptest (2)
dir.expiry (4066)
directlabels (1)
Director (46)
DirichletMultinomial (4195)
discordant (73)
DiscoRhythm (56)
DiscriMiner (0)
disk.frame (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (0)
distinct (203)
distory (1)
distr (0)
distr6 (1)
distrEx (0)
distributional (10)
DistributionUtils (2)
distro (1)
dittodb (1)
dittoSeq (1246)
DiurnalMRI (1)
divergence (38)
diveRsity (0)
djvdj (1)
dks (47)
dlm (0)
dlookr (1)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (36)
DMCHMM (44)
DMRcaller (72)
DMRcate (817)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (29)
DMRScan (41)
dmrseq (181)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (40)
DNABarcodes (171)
DNAcopy (5126)
dnacopy (1)
DNAfusion (42)
DNaseR (3)
DNAshapeR (69)
dndscv (0)
dnet (1)
do (1)
DO.db (7)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (6)
DoE.base (1)
DoEstRare (1)
doFuture (1)
domainsignatures (5)
doMC (1)
DominoEffect (46)
doMPI (1)
doParallel (26)
doppelgangR (110)
DOQTL (5)
doRedis (1)
doRNG (2)
dorothea (0)
Doscheda (48)
DOSE (16494)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (41)
doSNOW (1)
dotCall64 (6)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
doubletrouble (49)
downlit (32)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (0)
dpclust3p (0)
dpeak (28)
dplyr (278)
dplyrb (1)
dqrng (30)
dr (0)
drake (9)
drat (1)
drawProteins (180)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
dreamerr (1)
dreamlet (28)
drgee (1)
DRIMSeq (312)
DriverNet (54)
DropletUtils (2608)
drosophila2probe (1)
DRR (1)
drugTargetInteractions (54)
DrugVsDisease (85)
dSimer (4)
DSS (973)
dStruct (40)
DT (201)
DTA (82)
dtangle (0)
dtplyr (58)
DTRreg (0)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (7)
duckdb (2)
duct.tape (1)
dummies (0)
Dune (43)
DupChecker (3)
dupRadar (97)
dwrPlus (0)
dyebias (46)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1224)
dynfeature (1)
dynlm (1)
dynplot (1)
dynpred (1)
dynsbm (1)
dynwrap (1)

E

e1071 (37)
earth (2)
easier (130)
EasyABC (0)
easyalluvial (1)
EasyCellType (46)
easyENTIM (1)
easylift (20)
easypar (0)
EasyqpcR (8)
easyreporting (51)
easyRNASeq (155)
easystats (1)
ebal (1)
EBarrays (200)
EBcoexpress (65)
EBImage (2614)
ebimage (1)
EBSEA (46)
EBSeq (413)
EBSeqHMM (53)
Ecdat (1)
Ecfun (1)
echarts4r (10)
ecodist (1)
ecolitk (47)
ECOSolveR (1)
EDASeq (1717)
edd (3)
EDDA (6)
edge (90)
edgeR (22239)
edger (1)
EDIRquery (34)
eds (318)
eegc (75)
effects (1)
effectsize (2)
EGAD (56)
egg (5)
egor (1)
EGSEA (131)
eha (1)
eiR (52)
eisa (8)
eisaR (97)
elasticsearchr (1)
ELBOW (6)
ellipse (59)
ellipsis (14)
elliptic (1)
ELMER (164)
ELMER.data (1)
emayili (1)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (8)
emdist (1)
EMDomics (60)
emmeans (104)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (125)
emulator (1)
EMVS (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODExplorer (5)
encryptr (1)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
EnhancedVolcano (4084)
enhancedvolcano (0)
enhancerHomologSearch (47)
EnMCB (44)
ENmix (185)
EnrichedHeatmap (550)
EnrichmentBrowser (545)
enrichplot (17105)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichTF (71)
enrichViewNet (22)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (5)
EnsDb.Hsapiens.v79 (6)
EnsDb.Hsapiens.v86 (6)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (9700)
ensemblVEP (146)
entropy (2)
envalysis (0)
ENVISIONQuery (5)
EnvStats (1)
Epi (1)
epialleleR (50)
EpiCluster (0)
EpiCompare (47)
epidecodeR (40)
EpiDISH (523)
epigenomix (46)
epigraHMM (47)
epihet (9)
EpiMix (40)
epimutacions (50)
epiNEM (117)
EpiNow2 (1)
epiR (3)
epistack (46)
epistasisGA (37)
EpiStats (1)
epitools (1)
EpiTxDb (72)
epivizr (82)
epivizrChart (43)
epivizrData (96)
epivizrServer (124)
epivizrStandalone (50)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (56)
ergm (1)
ergm.count (0)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (82)
errorlocate (1)
ERSSA (46)
esATAC (83)
escape (307)
escheR (96)
esetVis (67)
esquisse (1)
estimability (13)
estimatr (1)
estmeansd (1)
etm (1)
eudysbiome (41)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (299)
EValue (1)
evaluomeR (48)
evd (1)
EventPointer (51)
eventTrack (1)
EVMS (1)
EWCE (132)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
ExCluster (40)
ExiMiR (47)
exomeCopy (274)
ExomeDepth (1)
exomePeak (12)
exomePeak2 (100)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (7151)
ExperimentHubData (276)
ExperimentSubset (45)
expint (1)
explorase (8)
explore (1)
ExploreModelMatrix (141)
ExplorOMICS (1)
expm (16)
ExpressionAtlas (157)
ExpressionView (6)
exprExternal (1)
expsmooth (0)
expss (6)
externalVector (2)
extraChIPs (51)
extraDistr (6)
extrafont (2)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraoperators (1)
extraTrees (0)
extRemes (0)

F

faahKO (1)
fabia (167)
fable (1)
fabletools (1)
facets (0)
facopy (3)
factDesign (45)
factoextra (3)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (55)
Factoshiny (1)
factR (46)
faers (2)
fail (0)
fakepackage (1)
FamAgg (61)
famat (47)
fansi (220)
faraway (1)
farms (48)
farver (19)
fastcluster (3)
fastDummies (23)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (6)
fastLiquidAssociation (46)
fastmap (69)
fastmatch (19)
fastmatrix (1)
FastqCleaner (76)
fastqcr (1)
fastreeR (67)
fastseg (728)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (2)
fbat (3)
FCBF (54)
fCCAC (44)
fCI (51)
fcoex (84)
fcScan (44)
FD (1)
fda (8)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (5)
fdrame (50)
fdrtool (2)
fds (5)
FEAST (101)
feather (1)
FeatSeekR (39)
feature (6)
FedData (1)
fedup (43)
feisr (1)
FELLA (121)
FEM (20)
fenr (20)
fExtremes (2)
ff (47)
ffbase (0)
FField (0)
ffpe (57)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (1)
fgga (40)
FGNet (106)
fgsea (16030)
fido (1)
fields (4)
filehash (0)
filelock (46)
filesstrings (1)
FilterFFPE (40)
finalfit (1)
FindIT2 (51)
FindMyFriends (7)
findpython (9)
finetune (1)
fingerprint (1)
FISHalyseR (42)
fishHook (0)
fishMod (0)
fishpond (283)
fit.models (1)
fitdistrplus (15)
FitHiC (62)
fixest (1)
flagme (44)
flair (1)
FLAMES (64)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (16)
flipflop (6)
float (1)
flock (1)
flowAI (542)
flowBeads (48)
flowBin (50)
flowcatchR (48)
flowCHIC (49)
flowCL (12)
flowClean (209)
flowClust (816)
flowclust (1)
flowCore (2650)
flowcore (0)
FlowCore (1)
flowCut (88)
flowCyBar (49)
flowDensity (229)
flower (1)
flowFit (8)
flowFlowJo (5)
flowFP (126)
flowGate (55)
flowGraph (52)
flowMap (43)
flowMatch (54)
flowMeans (138)
flowMerge (113)
flowPeaks (162)
flowPhyto (3)
flowPloidy (56)
flowPlots (44)
flowQ (5)
flowQB (7)
FlowRepositoryR (6)
FlowSOM (1031)
FlowSorted.Blood.450k (1)
FlowSorted.Blood.EPIC (9)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (9)
flowSpecs (59)
flowSpy (3)
flowStats (514)
flowTime (54)
flowTrans (66)
flowType (8)
flowUtils (35)
flowViz (994)
flowVS (90)
flowWorkspace (1224)
flowworkspace (0)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (0)
fmcsR (245)
FME (1)
fmrs (120)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (1)
FNN (50)
fobitools (43)
focalCall (4)
foghorn (1)
FoldGO (31)
fontawesome (117)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (19)
foreach (6)
forecast (5)
foreign (43)
forestplot (1)
forestploter (1)
fork (1)
formatR (27)
formattable (1)
formatters (2)
Formula (12)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
fossil (0)
FourCSeq (7)
fpc (2)
fpp (0)
fracdiff (2)
FragPipeAnalystR (1)
FRASER (99)
freetypeharfbuzz (1)
frenchFISH (43)
fresh (6)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (52)
frma (137)
frmaTools (60)
fs (204)
FSA (1)
FScanR (30)
fst (1)
fstcore (1)
fTrading (1)
FunChIP (59)
FunciSNP (7)
fungible (1)
funkyheatmap (1)
funtooNorm (47)
furrr (10)
FuseSOM (47)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (130)
future.apply (84)
future.batchtools (1)
future.callr (3)
fuzzyjoin (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (25)
GA4GHclient (91)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (49)
gada (0)
gaga (89)
gage (811)
gageData (1)
gaggle (42)
gaia (23)
gam (6)
GAMBLR.results (0)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (2)
gamlss.add (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (2)
gamlss.tr (0)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (0)
GAPGOM (5)
gapminder (1)
GAprediction (51)
garfield (54)
gargle (85)
GARS (44)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
GateFinder (45)
gatom (21)
gaucho (5)
gausscov (1)
gbm (30)
gbRd (1)
GBScleanR (38)
gbutils (1)
gcapc (49)
gcatest (45)
gclus (1)
gCMAP (8)
gCMAPWeb (7)
gCrisprTools (50)
gcrma (1370)
GCS (1)
GCSConnection (4)
GCSFilesystem (4)
GCSscore (28)
gdata (15)
GDCRNATools (283)
gdistance (0)
gDNAx (28)
gDR (20)
gDRcore (59)
gDRimport (59)
gDRstyle (50)
gDRutils (74)
GDSArray (115)
gdsfmt (2086)
gdtools (32)
gee (1)
geecc (5)
geepack (5)
geigen (1)
geiger (0)
GEM (54)
gemini (53)
gemma.R (52)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (51)
genbankr (137)
GENE.E (6)
gene2pathway (3)
GeneAccord (9)
GeneAnswers (18)
geneAttribution (45)
GeneBreak (55)
geneClassifiers (43)
GeneExpressionSignature (53)
genefilter (13017)
genefu (395)
GeneGA (41)
GeneGeneInteR (47)
GeneGroupAnalysis (2)
geneLenDataBase (9)
GeneMeta (86)
GeneNet (0)
GeneNetworkBuilder (59)
GeneOverlap (374)
geneoverlap (1)
geneplast (83)
geneplotter (8547)
GeneR (4)
GeneralizedHyperbolic (1)
geneRecommender (43)
GeneRegionScan (49)
GeneRfold (2)
generics (20)
geneRxCluster (44)
GeneSelectMMD (90)
GeneSelector (7)
GENESIS (325)
genesis (0)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (68)
geNetClassifier (125)
genetclassifier (1)
genetics (1)
GeneticsBase (2)
geneticsbase (0)
GeneticsDesign (6)
GeneticsPed (96)
GeneTonic (233)
GeneTraffic (3)
GeneTS (2)
geneXtendeR (101)
GENIE3 (1144)
genoCN (50)
GenoGAM (6)
genomation (601)
genomationdata (1)
genomationData (1)
GenomAutomorphism (36)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (12)
GenomeInfoDb (54628)
GenomeInfoDB (0)
GenomeInfoDbData (19)
genomeIntervals (156)
GenomelnfoDb (0)
genomes (61)
GenomicAlignments (23274)
genomicalignments (1)
GenomicDataCommons (1206)
GenomicDistributions (83)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (19146)
genomicfeatures (0)
GenomicFiles (1220)
genomicInstability (44)
GenomicInteractionNodes (41)
GenomicInteractions (325)
GenomicOZone (49)
GenomicPlot (25)
GenomicRanges (40529)
genomicranges (0)
genomicRanges (1)
GenomicScores (598)
GenomicSuperSignature (49)
GenomicTools (1)
GenomicTuples (40)
Genominator (8)
genoset (13)
genotypeeval (14)
GenoView (2)
genphen (5)
GenProSeq (35)
GenRank (4)
GenSA (2)
GenVisR (307)
geobr (1)
geodata (1)
GeoDiff (73)
geodiv (1)
GEOexplorer (54)
GEOfastq (64)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (6)
GEOmetadb (218)
geometadb (0)
geometries (12)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (375)
GEOquery (8798)
geoquery (1)
GEoquery (1)
geoR (1)
geos (1)
GEOsearch (3)
geosphere (9)
GEOsubmission (44)
GeoTcgaData (58)
gep2pep (50)
gert (52)
gespeR (68)
gestalt (7)
gestate (1)
getDEE2 (45)
getip (1)
getopt (20)
GetoptLong (2)
getPass (2)
getSVCNVperGene0.94 (0)
gettz (1)
geva (46)
GEWIST (45)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gg4way (20)
ggalluvial (1)
GGally (11)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (9)
ggbeeswarm (4)
ggbio (2110)
ggbreak (1)
ggcorrplot (2)
ggcyto (879)
ggdag (1)
ggdendro (9)
ggdensity (1)
ggdist (2)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (2)
ggExtra (4)
ggfittext (2)
ggforce (13)
ggforestplot (0)
ggformula (30)
ggfortify (2)
ggfun (33)
gggenes (1)
ggh4x (1)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (3)
ggkegg (100)
ggm (1)
ggmanh (100)
ggmap (47)
ggmosaic (1)
ggmsa (486)
ggnetwork (1)
ggnewscale (25)
ggnewscales (1)
ggokabeito (1)
GGPA (40)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (229)
ggplot2movies (1)
ggplotify (23)
ggpmisc (4)
ggPMX (1)
ggpointdensity (6)
ggpp (5)
ggprism (1)
ggpubr (18)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (7)
ggraph2 (1)
ggrastr (7)
ggrepel (138)
ggridges (23)
ggsankey (1)
ggsc (28)
ggsci (66)
ggseqlogo (9)
ggside (2)
ggsignif (8)
ggspavis (121)
ggstance (1)
ggstats (1)
ggstatsplot (1)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (1)
ggtern (1)
ggtext (2)
ggthemes (9)
GGtools (10)
ggtree (19316)
ggtreeDendro (53)
ggtreeExtra (975)
ggvegan (1)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (1)
ggvis (0)
ggwordcloud (1)
gh (56)
ghpm (1)
ghql (1)
gifski (1)
GIGSEA (49)
GillespieSSA (0)
ginmappeR (1)
Giotto (1)
girafe (79)
GISPA (46)
git2r (43)
gitcreds (17)
gitlabr (1)
GLAD (220)
GladiaTOX (39)
glasso (0)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1222)
gllvm (0)
glmGamPoi (3523)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (2)
glmnet (17)
glmnetUtils (6)
glmperm (1)
glmSparseNet (136)
glmx (1)
GlobalAncova (970)
GlobalOptions (1)
globals (19)
globals, (1)
globalSeq (51)
globaltest (1732)
GloScope (17)
glpgStyle (0)
glpgTesteR (0)
glpkAPI (1)
glue (85)
gmailr (1)
gmapR (146)
gMCP (1)
GmicR (56)
Gmisc (1)
gmm (1)
gmnl (1)
gmodels (1)
gmoviz (46)
gmp (12)
GMRP (43)
gmthemes (1)
GNET2 (47)
gnm (1)
gnomAD (1)
GNOSIS (20)
GO.db (14)
goCluster (1)
GOdb (1)
godmode (1)
GOexpress (81)
goftest (1)
GOfuncR (281)
GOFunction (7)
golem (5)
golubEsets (1)
gomms (0)
gongs (1)
googleAuthR (1)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (75)
GoogleGenomics (4)
googlesheets4 (82)
googleVis (1)
GOplot (0)
GOpro (112)
goProfiles (108)
GOSemSim (16066)
goseq (1202)
goshawk (1)
GOSim (120)
goSorensen (41)
goSTAG (52)
GOstats (1692)
gostats (1)
GOsummaries (58)
GOTHiC (73)
goTools (54)
gower (11)
GPA (52)
GPArotation (49)
gpart (12)
GPfit (1)
gplots (36)
gpls (164)
gprege (6)
gprofiler2 (1)
gpuMagic (45)
gQTLBase (7)
gQTLstats (7)
GrafGen (1)
gRain (1)
gralarkivar (1)
gramm4R (3)
GRaNIE (108)
granny (1)
granulator (124)
graper (49)
grapg (1)
graph (18058)
GraphAlignment (53)
GraphAT (46)
graphat (0)
GraphGallery (1)
graphics (1)
graphite (2853)
graphlayouts (29)
GraphPAC (77)
graphql (1)
gRbase (1)
grDevices (1)
Greg (1)
GRENITS (53)
greybox (1)
GreyListChIP (934)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (2)
grImport (1)
GRmetrics (76)
groHMM (59)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (16)
GSA (1)
gsalib (0)
GSALightning (54)
GSAR (88)
gsbDesign (1)
GSCA (49)
gscounts (1)
gscreend (41)
gsDesign (1)
GSEABase (8373)
gseabase (0)
GSEAbase (1)
GSEABenchmarkeR (73)
GSEAlm (66)
GSEAmining (66)
gsean (50)
GSgalgoR (49)
gsignal (1)
gsl (2)
gsmoothr (5)
gson (4)
gsrc (0)
GSReg (51)
GSRI (47)
gss (3)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (5463)
GSVAdata (1)
gsw (0)
gt (7)
gtable (147)
gto (1)
gtools (35)
gtrellis (117)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (1)
GUIDEseq (64)
Guitar (131)
GUniFrac (2)
gupio (1)
gUtils (0)
GUTS (0)
Gviz (3850)
GWAS.BAYES (49)
gwascat (573)
GWASExactHW (5)
gwasrapidd (1)
GWASTools (573)
gwasurvivr (71)
GWENA (170)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)
gypsum (39)

H

h2o (3)
h5vc (66)
HAC (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
hapFabia (44)
haplo.stats (1)
HaploBlocker (1)
HaploSim (1)
haplotrackR (1)
hardhat (66)
HardyWeinberg (1)
Harman (168)
HarmonizR (25)
harmony (6)
Harshlight (52)
hash (2)
haven (81)
hca (58)
HCABrowser (3)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (5)
HDCytoData (1)
HDF5Array (12007)
hdf5r (3)
hdi (1)
HDInterval (9)
hdm (0)
hdnom (1)
HDO.db (5)
hdrcde (6)
HDTD (50)
heatmap.plus (0)
heatmap3 (0)
heatmaply (14)
heatmaps (237)
Heatplus (376)
heemod (1)
HelloRanges (116)
HELP (48)
helperMut (0)
HEM (43)
heplots (1)
here (2)
hermes (91)
HERON (18)
Herper (162)
hexbin (17)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGC (60)
hgu133a.db (0)
hgu133plus2.db (7)
hgu133plus2cdf (1)
hgu219.db (1)
hgu95a.db (1)
hgu95av2.db (1)
hgug4112a.db (0)
hiAnnotator (97)
HIBAG (127)
HiCBricks (129)
hicbricks (0)
HiCcompare (270)
HiCDCPlus (68)
HiCDOC (93)
HiCExperiment (120)
HiClimR (1)
HiContacts (94)
HiCool (52)
hicrep (8)
hicVennDiagram (20)
hierfstat (0)
hierGWAS (56)
hierinf (45)
highcharter (1)
highlight (0)
highr (70)
highs (1)
HilbertCurve (76)
HilbertVis (167)
HilbertVisGUI (30)
HiLDA (62)
hipathia (120)
HIPPO (44)
hiReadsProcessor (50)
HIREewas (49)
HiTC (130)
hmdbQuery (67)
Hmisc (25)
HMMcopy (277)
hms (122)
Homo.sapiens (5)
hoodscanR (22)
Hoover (1)
hopach (279)
HPAanalyze (121)
hpar (266)
HPAStainR (24)
HPiP (50)
hrbrthemes (1)
HSAUR (1)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (1)
HSMMSingleCell (1)
htmlTable (19)
htmltools (301)
htmlwidgets (249)
HTqPCR (159)
HTSanalyzeR (8)
HTSeqGenie (46)
htSeqTools (8)
HTSFilter (211)
htslib (1)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (2)
httput (1)
httpuv (214)
httr (212)
httr2 (72)
HubPub (106)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (48)
hummingbird (41)
hunspell (3)
huxtable (2)
hwriter (2)
HWxtest (0)
HybridExpress (1)
HybridMTest (114)
hydroPSO (1)
hypeR (72)
hyperdraw (97)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hypergraph (134)
hyperSpec (1)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iASeq (47)
iasva (43)
iatlasGraphQLClient (1)
iBBiG (120)
ibh (55)
iBMQ (37)
iBreakDown (1)
ica (2)
iCARE (100)
icenReg (1)
Icens (421)
icetea (43)
iCheck (42)
iChip (41)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (325)
iCNV (45)
iCOBRA (160)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
ideal (105)
IdeoViz (61)
ideoviz (1)
idiogram (48)
IdMappingAnalysis (6)
IdMappingRetrieval (6)
IDPmisc (2)
idpr (59)
idr (0)
idr2d (47)
ids (1)
ieugwasr (0)
IFAA (46)
iFlow (3)
ifultools (1)
iGasso (1)
iGC (50)
IgGeneUsage (42)
igraph (113)
igraphdata (1)
igvR (100)
igvShiny (3)
iheatmapr (4)
IHW (679)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (7)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (5)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (5)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (5)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (5)
illuminaio (2832)
ILoReg (40)
imageHTS (15)
imager (1)
imagerExtra (0)
IMAS (47)
imbalance (1)
imcRtools (166)
Imetagene (4)
iml (0)
IMMAN (44)
immunarch (1)
ImmuneSpaceR (55)
immunoClust (53)
immunotation (49)
IMPCdata (47)
import (2)
ImpulseDE (4)
ImpulseDE2 (10)
impute (10153)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
IncidencePrevalence (1)
INDEED (47)
ineq (0)
iNETgrate (27)
infer (10)
infercnv (1068)
inferCNV (1)
infinityFlow (58)
influenceR (3)
InformationValue (1)
Informeasure (40)
infotheo (1)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (25)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InPAS (48)
INPower (52)
InraeThemes (1)
insight (6)
inSilicoDb (8)
inSilicoMerging (9)
INSPEcT (60)
installr (1)
INTACT (40)
InTAD (44)
intamap (1)
intansv (61)
interacCircos (62)
InteractionSet (1754)
InteractiveComplexHeatmap (359)
interactiveDisplay (86)
interactiveDisplayBase (10109)
interactomes (1)
InterCellar (72)
IntEREst (53)
intergraph (1)
InterMineR (55)
interp (11)
interpretR (0)
interval (1)
intervals (4)
IntOMICS (36)
IntramiRExploreR (42)
inum (3)
inveRsion (8)
invgamma (1)
IONiseR (59)
iontree (5)
iotools (1)
iPAC (101)
ipaddress (1)
iPath (40)
ipcwswitch (1)
ipdDb (97)
IPDfromKM (1)
ipmisc (0)
IPO (114)
IPPD (7)
ipred (57)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
irace (0)
IRanges (49548)
iranges (1)
iRanges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (82)
IrisSpatialFeatures (2)
IRkernel (1)
irlba (14)
irr (1)
ISAnalytics (48)
iSEE (426)
iSEEde (29)
iSEEfier (0)
iSEEhex (127)
iSEEhub (96)
iSEEindex (26)
iSEEpathways (22)
iSEEu (97)
iSeq (49)
ISLET (43)
ISLR (1)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (48)
isobar (70)
IsoBayes (16)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (95)
IsoCorrectoRGUI (50)
IsoformSwitchAnalyzeR (243)
IsoGeneGUI (7)
ISoLDE (45)
isomiRs (115)
iSPlot (2)
isva (5)
ISwR (1)
ITALICS (48)
ITALICSData (1)
iterativeBMA (47)
iterativeBMAsurv (49)
iterativebmasurv (0)
iterators (6)
iterClust (46)
iteremoval (5)
itertools (1)
itsadug (1)
IVAS (70)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
ivygapSE (40)
IWTomics (43)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (2)
janitor (3)
JASPAR2016 (1)
JASPAR2018 (2)
JASPAR2020 (6)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
JBTools (0)
jcolors (1)
JGR (1)
jiebaR (0)
jiebaRD (0)
JM (1)
JMbayes (1)
jmosaics (4)
jnjtemplates (1)
joda (6)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (10)
jqr (8)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (254)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)
JunctionSeq (9)

K

kableExtra (8)
kangar00 (1)
karyoploteR (856)
KaryoploteR (0)
karyoploter (1)
katdetectr (46)
katex (1)
KBoost (48)
KCsmart (49)
kebabs (136)
kedd (0)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (5448)
kegggraph (0)
KEGGlincs (58)
keggorth (2)
keggorthology (130)
KEGGprofile (15)
KEGGREST (34733)
keggrest (1)
KEGGSOAP (5)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (7)
KernelKnn (1)
kernlab (4)
KernSmooth (45)
keyring (5)
KFAS (1)
khroma (1)
kimod (4)
kinship2 (1)
KinSwingR (47)
kissDE (44)
kit (1)
kknn (1)
klaR (2)
km.ci (2)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (1)
kml3d (1)
KMsurv (1)
knitr (246)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KnowSeq (48)
knowYourCG (0)
KODAMA (0)
kohonen (1)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (5)
kSamples (1)
ktplots (1)
kutils (1)
kyotil (1)

L

l2p (1)
labdsv (1)
labeling (122)
labelled (4)
LACE (103)
laeken (1)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (2)
lamW (2)
landscapemetrics (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (40)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (190)
latex2exp (1)
lattice (133)
latticeExtra (9)
lava (33)
lavaan (56)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (29)
lbaQcCheck (1)
LBE (251)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (0)
ldap (1)
ldblock (67)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (511)
leafcutter (0)
leafem (1)
leaflegend (1)
leaflet (4)
leaflet.minicharts (1)
leaflet.providers (2)
leafpop (1)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (5)
LedPred (47)
lefser (567)
leiden (16)
leidenAlg (1)
leidenbase (9)
lemon (2)
lemur (31)
les (88)
levi (48)
lfa (288)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (9)
liana (0)
libcoin (3)
libgeos (1)
LiblineaR (9)
libr (1)
lifecycle (154)
lightgbm (1)
limma (31329)
limmaGUI (58)
limmia (1)
limSolve (1)
LINC (4)
LineagePulse (42)
lineagespot (39)
LinkHD (45)
LinMod2 (1)
Linnorm (196)
linprog (1)
LinTInd (45)
lintr (31)
lionessR (48)
lipidr (178)
LiquidAssociation (69)
liquidSVM (0)
lisaClust (120)
listenv (26)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lle (0)
lm.beta (1)
lmdme (43)
lme4 (130)
lmerTest (1)
LMGene (7)
lmodel2 (1)
lmom (13)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (4)
LOBSTAHS (49)
lobstr (2)
locfdr (0)
locfit (48)
loci2path (40)
log4r (2)
logcondens (1)
logger (2)
logging (1)
logicFS (80)
LogicReg (1)
logistf (8)
logitnorm (1)
logitr (1)
logitT (30)
logitt (1)
Logolas (5)
logolas (0)
logr (1)
logrrr (1)
logspline (1)
lokern (1)
lol (5)
LOLA (265)
longitudinal (0)
longitudinalData (1)
longmemo (0)
loo (9)
LoomExperiment (584)
lotri (1)
loupeR (1)
LowMACA (15)
LowRankQP (1)
LPE (83)
LPEadj (40)
lpNet (55)
lpridge (1)
lpSolve (14)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1174)
lqa (0)
lqmm (1)
LRBaseDbi (106)
LRcell (49)
lsa (7)
LSAF (1)
lsei (1)
lsmeans (1)
lubridate (68)
lumi (1121)
Luminescence (1)
lute (3)
lvec (1)
LVSmiRNA (7)
lwgeom (1)
LymphoSeq (54)

M

m03modeldevelopment (1)
M3C (727)
M3D (5)
M3Drop (547)
m6Aboost (37)
maanova (15)
Maaslin2 (935)
maboost (1)
Macarron (42)
macat (50)
maCorrPlot (49)
MACPET (6)
macrophage (1)
MACSQuantifyR (45)
MACSr (102)
maDB (3)
made4 (227)
maditr (1)
madness (1)
MADSEQ (43)
maftools (2587)
MAGAR (130)
MAGeCKFlute (347)
magic (1)
magick (12)
magpie (39)
magrene (40)
magrittr (29)
MAI (48)
maic (1)
maicChecks (1)
maigesPack (38)
mailR (0)
MAIT (51)
makecdfenv (150)
makePlatformDesign (2)
maketools (1)
MALDIquant (2)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
MANOR (45)
manta (7)
MantelCorr (46)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKL (11)
mapplots (1)
mapproj (1)
maPredictDSC (45)
maps (9)
mapscape (51)
maptools (16)
maptree (1)
mapview (1)
marginaleffects (1)
margins (1)
mariner (49)
Markdown (0)
markdown (97)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marr (40)
marray (1812)
martini (47)
maser (112)
maSigPro (242)
maskBAD (47)
MASS (224)
MassArray (50)
massdataset (1)
massiR (48)
MassSpecWavelet (1808)
masstools (1)
MAST (2003)
mastR (97)
matchBox (49)
Matching (1)
MatchIt (2)
matchprobes (2)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matrix (300)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (38511)
MatrixModels (93)
MatrixQCvis (114)
MatrixRider (48)
matrixStats (124)
matrixTests (1)
matter (191)
MaxContrastProjection (5)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (6)
MBAmethyl (42)
MBASED (52)
MBCB (42)
MBECS (53)
mbend (1)
MBESS (1)
mbkmeans (440)
mbOmic (21)
mboost (2)
mBPCR (47)
MBQN (42)
mbQTL (40)
MBttest (50)
mc2d (1)
mcaGUI (7)
MCbiclust (43)
mclogit (1)
mclust (11)
mclustcomp (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (2)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
MCRestimate (6)
mCSEA (95)
mctq (1)
mda (1)
mdgsa (7)
mdp (56)
mdqc (95)
MDTS (46)
MEAL (70)
MeasurementError.cor (46)
measurements (1)
measures (1)
MEAT (38)
MEB (42)
medflex (0)
mediation (1)
MEDIPS (95)
MEDME (44)
megadepth (120)
MEIGOR (43)
Melissa (43)
memes (176)
memisc (1)
memoise (15)
MEMSS (1)
memuse (1)
merDeriv (1)
MergeMaid (9)
Mergeomics (61)
merTools (1)
MeSHDbi (227)
meshes (134)
meshr (119)
MeSHSim (2)
MesKit (62)
MESS (1)
messina (52)
meta (1)
metaArray (7)
Metab (29)
metabaser (1)
metabCombiner (43)
metabinR (43)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
MetaboAnnotation (301)
MetaboCoreUtils (1044)
metabolomics (1)
metabolomicsWorkbenchR (70)
metabomxtr (47)
MetaboReport (1)
MetaboSignal (103)
metaCCA (204)
metacore (1)
MetaCyto (59)
metadat (1)
metafor (2)
metagene (36)
metagene2 (61)
metagenomeFeatures (5)
metagenomeSeq (1570)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (55)
metaMA (7)
metaMS (91)
MetaNeighbor (85)
metap (9)
MetaPhOR (43)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (4475)
metapone (58)
metaSeq (58)
metaseqR (9)
metaseqR2 (37)
MetaSKAT (0)
metatools (1)
MetaUtility (1)
metavizr (10)
MetaVolcanoR (58)
metaX (3)
MetCirc (56)
MethCP (9)
methimpute (49)
methInheritSim (54)
methodical (2)
methods (1)
MethPed (45)
MethReg (65)
methrix (70)
MethTargetedNGS (44)
methVisual (7)
methyAnalysis (12)
MethylAid (74)
methylCC (61)
methylclock (136)
methylclockData (1)
methylGSA (97)
methyLImp2 (1)
methylInheritance (55)
methylKit (616)
MethylMix (90)
methylMnM (63)
methylPipe (104)
methylscaper (44)
MethylSeekR (129)
methylSig (59)
methylumi (1412)
methyvim (5)
MetID (49)
metid (1)
MetNet (47)
metpath (1)
metR (1)
metrumrg (1)
mets (1)
mev (1)
mfa (76)
mFilter (1)
Mfuzz (1100)
mfuzz (0)
mfx (1)
mg14 (0)
mgcv (226)
MGFM (51)
MGFR (53)
mgm (1)
MGnifyR (1)
mgsa (104)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mi (0)
mia (1396)
miaSim (93)
miaViz (217)
mice (11)
miceadds (1)
MiChip (42)
microbenchmark (1)
microbiome (1596)
microbiomeDASim (48)
microbiomeExplorer (68)
microbiomeMarker (358)
MicrobiomeProfiler (94)
MicrobiotaProcess (466)
micromap (1)
microRNA (147)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
microSTASIS (40)
MICSQTL (23)
midasHLA (54)
MIGSA (12)
MIIVsem (0)
miloR (249)
mimager (50)
mime (40)
MIMOSA (30)
mimosa (1)
mina (43)
MineICA (60)
minerva (0)
minet (710)
minfi (2232)
minfiData (1)
MinimumDistance (48)
miniUI (1)
minpack.lm (3)
minqa (72)
MiPP (43)
miQC (99)
MIRA (106)
MiRaGE (48)
mirai (2)
miRBaseConverter (127)
miRcomp (45)
mirIntegrator (52)
MIRit (1)
miRLAB (50)
miRmine (29)
miRNAmeConverter (50)
miRNApath (62)
miRNAtap (134)
miRSM (30)
miRsponge (3)
miRspongeR (45)
Mirsynergy (5)
mirt (18)
mirTarRnaSeq (62)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (1)
missMethyl (974)
missRanger (1)
missRows (46)
misty (1)
mistyR (94)
mitch (66)
mitml (1)
mitoClone2 (45)
mitoODE (4)
mitools (1)
mixOmics (2944)
mixsqp (16)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (9)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (1)
MLInterfaces (357)
mlm4omics (2)
MLmetrics (1)
mlmm.gwas (1)
mlmRev (1)
mlogit (1)
MLP (109)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3verse (1)
mlr3viz (1)
MLSeq (137)
mlt (1)
mltools (0)
mma (1)
MMAPPR2 (21)
MMDiff (5)
MMDiff2 (44)
mmgmos (1)
mmnet (4)
MmPalateMiRNA (6)
mmrm (38)
MMUPHin (92)
mnem (126)
mnormt (12)
MNP (1)
moanin (118)
mobileRNA (2)
MobilityTransformR (36)
mobster (0)
mockery (3)
mockr (1)
MODA (46)
ModCon (44)
modelbased (1)
modeldata (10)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (58)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltools (1)
MODIStsp (2)
Modstrings (179)
modules (5)
MOFA (6)
MOFA2 (424)
MOGAMUN (44)
mogsa (153)
moleculaR (1)
MoleculeExperiment (50)
MOMA (53)
moments (2)
Momocs (1)
monaLisa (105)
mondate (1)
monocle (2897)
Moonlight2R (23)
MoonlightR (55)
MoPS (5)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (30)
mosaicData (1)
mosaics (120)
mosbi (43)
MOSim (43)
Motif2Site (41)
motifbreakR (173)
motifcounter (51)
MotifDb (632)
motifmatchr (1230)
motifRG (7)
motifStack (672)
motifTestR (1)
MotIV (24)
mouse4302.db (0)
MouseFM (94)
MouseGastrulationData (1)
MPA (1)
mpath (0)
MPFE (44)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (1)
mpra (49)
MPRAnalyze (59)
MPV (1)
MQmetrics (50)
mQTL.NMR (3)
mratios (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1477)
MSA2dist (119)
msatR (1)
MsBackendMassbank (64)
MsBackendMgf (452)
MsBackendMsp (183)
MsBackendRawFileReader (50)
MsBackendSql (50)
MsCoreUtils (3379)
msdata (1)
MsDataHub (45)
MSEADbi (2)
MsExperiment (703)
MsFeatures (1583)
msgbsR (57)
MSGFgui (6)
MSGFplus (11)
msigdb (1)
msigdbr (3)
msImpute (77)
mslp (37)
msm (6)
msmsEDA (255)
msmsTests (240)
MSnbase (3104)
msnbase (0)
MSnID (229)
MSPrep (99)
msPurity (71)
msQC (0)
msqrob2 (105)
MsQuality (51)
MSstats (478)
MSstatsBig (17)
MSstatsConvert (456)
MSstatsLiP (58)
MSstatsLOBD (48)
MSstatsPTM (174)
MSstatsQC (60)
MSstatsQCgui (36)
MSstatsSampleSize (25)
MSstatsShiny (87)
MSstatsTMT (254)
MSstatsTMTPTM (3)
MSstatsTMTs (1)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (2)
MuData (49)
muhaz (1)
Mulcom (64)
mulcom (0)
multcomp (35)
multcompView (49)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (4718)
MultiBaC (59)
multiClust (58)
multicool (4)
multicrispr (47)
multicross (1)
MultiDataSet (1144)
multidplyr (0)
multiGSEA (104)
multiHiCcompare (167)
MultiMed (54)
multiMiR (222)
MultimodalExperiment (36)
multimode (1)
multinichenetr (1)
multinma (1)
multiOmicsViz (40)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (18)
multiscan (42)
multiSight (78)
multiwayvcov (1)
multiWGCNA (33)
multtest (11976)
MuMIn (1)
mumosa (61)
MungeSumstats (897)
munsell (2)
muscat (379)
muscData (1)
muscle (299)
musicatk (67)
MutationalPatterns (317)
mutationalpatterns (1)
MutationTimeR (0)
mutoss (8)
mutSigExtractor (0)
mvabund (1)
MVCClass (86)
mvGST (3)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvpart (1)
mvtnorm (106)
MWASTools (131)
mygene (350)
myphd (1)
myvariant (71)
mzID (2954)
mzR (3244)

N

n1qn1 (1)
N2R (0)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (5)
NADfinder (43)
name (1)
naniar (1)
nanoarrow (1)
NanoMethViz (69)
nanonext (2)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (86)
NanoStringNCTools (362)
NanoStringQCPro (49)
nanostringr (1)
nanotatoR (101)
nanotime (1)
NanoTube (76)
narray (1)
NarrowPeaks (7)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (77)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
NBSplice (10)
ncappc (1)
ncar (1)
ncbit (0)
ncdf4 (7)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1093)
ncGTW (36)
NCIgraph (98)
NCmisc (1)
ncRNAtools (41)
ncvreg (1)
ndexr (65)
ndjson (0)
neaGUI (4)
nearBynding (42)
Nebulosa (943)
NeighborNet (25)
nem (10)
NEMO (0)
nempi (46)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NetActivity (43)
netbenchmark (5)
netbiov (34)
netboost (37)
netboxr (11)
NetCRG (0)
netDx (46)
nethet (43)
netmeta (1)
netOmics (43)
NetPathMiner (60)
netprioR (49)
netrankr (1)
netReg (4)
netresponse (54)
NetSAM (49)
netSmooth (61)
NetSwan (1)
network (2)
networkBMA (8)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
netZooR (52)
NeuCA (31)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (0)
NewWave (100)
nFactors (1)
NGScopy (3)
ngsReports (71)
NHANES (1)
nhanesA (1)
nimble (1)
nipals (1)
nipalsMCIA (20)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (1)
nlme (201)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (60)
NLP (0)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (11)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (88)
NNLM (1)
nnls (3)
nnNorm (47)
nnSVG (81)
noctua (1)
NoiseFiltersR (0)
NOISeq (558)
NonCompart (1)
nondetects (59)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
NoRCE (46)
norm (1)
normalize450K (41)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (133)
NormqPCR (168)
normr (127)
NORMT3 (1)
nortest (1)
Nozzle.R1 (1)
np (0)
NPARC (50)
npde (1)
npGSEA (55)
nphRCT (1)
npsurv (1)
NTW (49)
nucleoSim (49)
nucleR (66)
nuCpos (49)
nudge (4)
nullranges (146)
numbat (7)
numbers (1)
numDeriv (2)
NuPoP (65)
NxtIRFcore (23)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
occugene (44)
OceanView (0)
OCplus (72)
octad (43)
od (1)
odbc (21)
oddsratio (0)
ODER (20)
odseq (62)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (16)
OGRE (48)
OGSA (4)
oligo (1604)
oligoClasses (1667)
OLIN (75)
OLINgui (42)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
omada (34)
OmaDB (189)
omicade4 (126)
OmicCircos (177)
omicplotR (52)
omicRexposome (47)
omicsbase (1)
OmicsLonDA (25)
OmicsMarkeR (4)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (50)
omicsPrint (45)
omicsViewer (47)
Omixer (51)
omnibus (1)
OmnipathR (501)
ompBAM (94)
ompr (1)
ompr.roi (1)
Onassis (6)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oncomix (42)
oncoscanR (38)
OncoScore (47)
OncoSimulR (53)
oneChannelGUI (7)
onechannelgui (0)
oneSENSE (17)
onlineFDR (48)
ontoCAT (6)
ontologyIndex (16)
ontologyPlot (1)
ontoProc (208)
ontoTools (2)
oompaBase (3)
oompaData (3)
opdisDownsampling (1)
openCyto (655)
openeo (1)
OpenMx (1)
openPrimeR (116)
openPrimeRui (54)
openssl (305)
OpenStats (47)
openxlsx (21)
openxlsx2 (1)
OperaMate (3)
operator.tools (1)
oposSOM (63)
oppar (49)
oppti (38)
optextras (1)
OptiLCMS (1)
optimalFlow (48)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (14)
optmatch (1)
optparse (52)
optpart (1)
optweight (1)
OPWeight (44)
orca (1)
OrderedList (72)
ordinal (2)
ore (1)
ORFhunteR (45)
ORFik (190)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (14)
org.Hs.eg.db.html (0)
org.Mm.eg.db (12)
org.Mmu.eg.db (1)
org.Pt.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (9)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (1)
Organism.dplyr (409)
OrganismDbi (3182)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (312)
Orthology.eg.db (1)
orthopolynom (1)
orthos (20)
OSAT (60)
OSCA (5)
OSCA.advanced (19)
OSCA.basic (20)
OSCA.intro (90)
OSCA.multisample (19)
OSCA.workflows (34)
Oscope (80)
oskeyring (1)
osmdata (36)
osprey (1)
osqp (2)
OTUbase (49)
OutlierD (8)
outliers (1)
OUTRIDER (190)
OutSplice (34)
overlapping (1)
OVESEG (42)

P

PAA (57)
PACKAGE (1)
packer (1)
packFinder (44)
packrat (42)
pacman (1)
padma (45)
PADOG (218)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (47)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (79)
paircompviz (47)
PairedData (1)
pairedGSEA (32)
pairkat (37)
pairseqsim (2)
pairwiseComparisons (0)
pak (2)
paletteer (3)
Palimpsest (0)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (2)
pammtools (1)
pamr (6)
pan (1)
pandaR (119)
pander (2)
pandoc (1)
panelcn.mops (73)
panelr (1)
PAnnBuilder (6)
PanomiR (52)
panp (43)
PANR (45)
PanViz (41)
PanVizGenerator (7)
PAPi (10)
paquet (1)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (117)
parallelMap (1)
param6 (1)
parameters (4)
ParamHelpers (0)
parathyroidSE (1)
parcats (1)
pareg (36)
parglms (43)
parody (90)
parquetize (0)
parsedate (3)
parsnip (11)
partCNV (20)
partitions (1)
party (1)
partykit (3)
pasilla (1)
PAST (43)
pastecs (0)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (43)
Path2PPI (59)
pathfindR.data (1)
pathifier (125)
PathInterpolatR (1)
pathlinkR (4)
PathNet (62)
PathoStat (59)
pathprint (5)
pathRender (46)
pathVar (32)
pathview (4264)
pathwayPCA (76)
PathwaySplice (4)
PatientGeneSets (2)
patientProfilesVis (0)
patrick (1)
paws (10)
paws.analytics (10)
paws.application.integration (10)
paws.common (42)
paws.compute (10)
paws.cost.management (10)
paws.customer.engagement (10)
paws.database (10)
paws.developer.tools (10)
paws.end.user.computing (10)
paws.machine.learning (10)
paws.management (10)
paws.networking (10)
paws.security.identity (10)
paws.storage (40)
paxtoolsr (89)
pbapply (36)
Pbase (5)
pbcmc (3)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (77)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (454)
pcaGoPromoter (8)
pcalg (1)
pcaMethods (4972)
PCAN (49)
pcaPP (13)
PCAtools (1135)
PCDimension (1)
pch (1)
PCICt (1)
pcot2 (7)
PCpheno (6)
pcse (1)
pctGCdata (0)
pcxn (46)
pd.atdschip.tiling (0)
pd.clariom.s.human (1)
pd.hg.u133.plus.2 (0)
pd.mouse430.2 (0)
PDATK (72)
pdfCluster (1)
pdftools (8)
pdInfoBuilder (101)
pdist (1)
pdmclass (6)
pdp (1)
PeacoQC (191)
peakPantheR (52)
peakPick (0)
pec (1)
PECA (50)
peco (42)
pedigree (1)
pedigreemm (1)
Pedixplorer (1)
pegas (1)
pegboard (1)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (37)
peperr (0)
PepsNMR (115)
pepStat (44)
Peptides (1)
pepXMLTab (61)
PERFect (40)
performance (4)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (45)
perm (7)
permimp (1)
permute (3)
perturbatr (5)
PFAM.db (10)
pfamAnalyzeR (203)
PFIM (1)
PFP (21)
PGA (6)
pga (0)
pgca (48)
pgirmess (1)
PGSEA (41)
pgUtils (3)
pgxRpi (3)
phangorn (2)
phantasus (143)
phantasusLite (20)
PharmacoGx (242)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
pheatmap (1)
phemd (38)
phenoDist (5)
PhenoGeneRanker (44)
phenomis (48)
phenopath (84)
phenoTest (115)
PhenStat (47)
PheWAS (0)
philentropy (2)
philr (181)
PhIPData (88)
phonTools (1)
phosphonormalizer (48)
phosphoricons (5)
PhosR (99)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (1)
phylogram (1)
phylolm (1)
PhyloProfile (62)
phyloseq (5259)
phylosignal (1)
phylotools (1)
phyr (1)
phytools (4)
Pi (71)
piano (423)
pickgene (48)
PICS (99)
Pigengene (104)
pillar (157)
pim (0)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
PING (54)
pingr (7)
pins (42)
pint (5)
pio (0)
pipeComp (45)
pipeFrame (156)
pipeR (1)
PIPETS (1)
pixmap (2)
PK (1)
pkgbuild (106)
pkgcache (8)
pkgconfig (2)
pkgdepends (9)
pkgDepTools (17)
pkgdeptools (0)
pkgdown (13)
pkgKitten (1)
pkgload (212)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (173)
planttfhunter (35)
plasmut (16)
plateCore (7)
plethy (15)
plgem (100)
plier (105)
plm (1)
PloGO2 (63)
plogr (1)
plot3D (2)
plot3Drgl (0)
plotfunctions (1)
plotgardener (323)
plotGrouper (50)
plotly (119)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (9)
plotROC (1)
PLPE (44)
plpe (0)
plrs (6)
pls (2)
PLSDAbatch (3)
plumber (1)
plw (6)
plyinteractions (25)
plyr (118)
plyranges (1185)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (45)
pmml (1)
pmp (112)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (32)
PoDCall (49)
podkat (48)
pogos (55)
pointblank (1)
PoissonSeq (0)
poLCA (1)
polspline (3)
Polychrome (1)
polyclip (64)
polycor (1)
polyester (115)
Polyfit (4)
polynom (3)
PolynomF (1)
polysat (0)
POMA (71)
pool (3)
poolfstat (1)
poorman (1)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
POST (5)
posterior (9)
PoTRA (6)
PowerExplorer (5)
poweRlaw (6)
powerTCR (387)
PowerTOST (1)
POWSC (50)
ppcor (1)
ppcseq (44)
PPInfer (110)
ppiStats (7)
pqsfinder (69)
prabclus (2)
pracma (20)
prada (13)
praise (1)
pram (40)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebs (54)
PreciseSums (1)
preciseTAD (45)
PrecisionTrialDrawer (5)
precommit (1)
PREDA (75)
prediction (1)
predictionet (8)
predint (1)
PReMiuM (1)
preprocessCore (14023)
preprocesscore (0)
PreprocessCore (0)
preprocessorCore (1)
PresenceAbsence (0)
preseqR (0)
presser (1)
presto (1)
prestor (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (145)
primirTSS (50)
PrInCE (49)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (1)
PRISMselector (1)
Prize (4)
proActiv (57)
proBAMr (47)
proBatch (40)
pROC (53)
PROcess (78)
processCore (0)
processx (236)
procoil (48)
ProCoNA (5)
proDA (211)
prodlim (67)
productplots (1)
proffer (1)
proFIA (11)
profile (0)
profileModel (1)
profileplyr (210)
profileScoreDist (40)
profmem (1)
profvis (34)
progeny (382)
ProgMan (1)
progress (57)
progressr (37)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (16)
ProjecTILs (1)
projectR (95)
projpred (1)
pRoloc (239)
pRolocdata (9)
pRolocGUI (75)
PROMISE (90)
promise (1)
promises (122)
prompt (1)
PROPER (74)
propr (1)
PROPS (42)
PROreg (1)
Prostar (65)
prostar (0)
prot2D (5)
proteasy (31)
proteinProfiles (47)
ProteoDisco (42)
ProteomicsAnnotationHubData (6)
proteomixr (1)
ProteoMM (71)
proteoQC (5)
protGear (45)
ProtGenerics (11366)
proto (1)
protolite (1)
protr (8)
protti (1)
protViz (1)
proxy (2)
proxyC (1)
PRROC (5)
pryr (9)
ps (242)
PSCBS (7)
pscl (1)
PSEA (44)
psichomics (64)
PSICQUIC (12)
PSMatch (166)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (1)
psych (84)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
psygenet2r (56)
ptairMS (40)
ptw (1)
Publish (1)
PubScore (4)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pulsedSilac (4)
puma (89)
PureCN (149)
purr (0)
purrr (151)
purrrlyr (1)
pvac (42)
pvca (239)
pvclust (1)
Pviz (68)
PWMEnrich (148)
pwOmics (97)
pwr (1)
pwrEWAS (36)
pxr (0)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (10)
qcc (1)
qckitfastq (55)
qcmetrics (73)
qcNvs (0)
QCvis (1)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (358)
QDNAseq.hg19 (1)
QDNAseq.mm10 (1)
QFeatures (1183)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (11)
qmtools (45)
qpcR (1)
qpcrNorm (48)
qpdf (1)
qpgraph (162)
qPLEXanalyzer (63)
qqconf (8)
qqman (2)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qrqc (26)
qs (5)
QSARdata (1)
qsea (57)
qsmooth (121)
QSutils (45)
qsvaR (104)
qtl (1)
qtl2 (1)
QTLExperiment (17)
Qtlizer (43)
quadprog (2)
QUALIFIER (6)
qualifier (0)
qualpalr (1)
quantable (1)
quantiseqr (440)
quantmod (9)
quantreg (81)
quantro (318)
quantsmooth (611)
quarto (5)
QuartPAC (47)
QuasR (334)
QuaternaryProd (73)
QUBIC (137)
questionr (2)
QuickJSR (1)
qusage (377)
qvalue (16457)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
r-limma (1)
R.cache (1)
R.devices (8)
R.filesets (8)
R.huge (5)
R.matlab (0)
R.methodsS3 (5)
R.oo (30)
R.rsp (1)
R.utils (91)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (1)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R3CPET (47)
r3Cseq (78)
R453Plus1Toolbox (50)
R4RNA (605)
R6 (62)
rAccess (1)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (1)
RadioGx (52)
raer (19)
ragg (86)
RaggedExperiment (908)
RAIDS (15)
rain (83)
rainbow (8)
rama (19)
rAmCharts (1)
RamiGO (6)
ramr (39)
ramwas (123)
randomcoloR (5)
randomcolor (1)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (2)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
RandomWalkRestartMH (113)
randPack (45)
randRotation (45)
randtoolbox (1)
ranger (10)
RankAggreg (1)
RankProd (281)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (4)
rappdirs (4)
rapportools (1)
RAREsim (44)
RareVariantVis (49)
Rariant (6)
rARPACK (5)
Rarr (109)
raster (58)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (8)
rattle (1)
rawDiag (1)
rawrr (202)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
RbcBook1 (66)
Rbec (46)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (9345)
rbgl (0)
rbibutils (43)
rbioapi (3)
RBioFormats (90)
RBioinf (52)
rBiopaxParser (160)
rbiopaxparser (1)
rBLAST (1)
RBM (50)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rbowtie (475)
Rbowtie2 (304)
rbsurv (51)
Rbwa (104)
Rcade (14)
rcartocolor (1)
RCAS (104)
RCASPAR (46)
rcdk (8)
RCdk (1)
rcdklibs (8)
rcellminer (58)
rCGH (92)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (6)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (7)
RCircos (0)
RcisTarget (856)
RClickhouse (1)
rclipboard (4)
RCM (48)
rcmdcheck (41)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (1)
Rcollectl (27)
RColorBrewer (13)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpi (107)
Rcpp (241)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (33)
RcppArmadillo (186)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (1)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (101)
RcppGSL (3)
RcppHNSW (17)
RcppML (6)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (13)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSimdJson (1)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (2)
RcppTOML (14)
RcppZiggurat (6)
Rcsdp (1)
RCSL (35)
RCurl (101)
RCurl.back (0)
Rcwl (86)
RcwlPipelines (78)
RCX (92)
RCy3 (863)
RCyjs (65)
RCytoscape (8)
Rd2roxygen (0)
rda (0)
RDAVIDWebService (26)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
rDGIdb (80)
Rdimtools (1)
Rdisop (464)
rdocx (1)
Rdpack (44)
RDRToolbox (119)
Rdsdp (1)
reactable (2)
reactlog (1)
reactome.db (8)
ReactomeContentService4R (99)
ReactomeGraph4R (38)
ReactomeGSA (224)
ReactomePA (2264)
reactR (10)
readat (6)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
ReadqPCR (196)
readr (95)
readstata13 (1)
readxl (77)
rearrr (0)
reb (6)
REBayes (1)
REBET (40)
rebook (196)
receptLoss (36)
recipes (65)
reclin (1)
recommenderlab (7)
reconsi (42)
recosystem (12)
recount (411)
recount3 (299)
recountmethylation (50)
recoup (45)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (312)
RedisParam (37)
redland (1)
redoc (1)
REDseq (70)
redux (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
RefNet (6)
RefPlus (37)
refund (1)
RegEnrich (95)
reghelper (1)
regionalpcs (21)
RegionalST (25)
regioneR (1997)
regioneReloaded (39)
regionReport (107)
registry (1)
RegParallel (1)
regress (1)
regsplice (38)
regutools (52)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (8)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (4)
rematch (65)
rematch2 (1)
remotes (85)
REMP (54)
renderthis (1)
rentrez (1)
renv (167)
Repitools (312)
report (1)
reporter (1)
reporting (1)
ReportingTools (710)
reposTools (1)
repr (1)
reprex (27)
repurrrsive (1)
RepViz (98)
ReQON (41)
reReg (1)
resample (0)
reshape (2)
reshape2 (8)
ResidualMatrix (3333)
RESOLVE (48)
Resourcerer (4)
ResourceSelection (1)
restfulr (8)
restfulSE (112)
reticulate (46)
retrofit (37)
ReUseData (30)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (41)
rexposome (94)
rfaRm (36)
Rfast (14)
Rfast2 (1)
Rfastp (132)
rfcdmin (1)
Rfit (1)
rflowcyt (3)
RFOC (6)
rfPred (49)
rGADEM (268)
RGalaxy (9)
rgbif (1)
RGCCA (1)
rgdal (14)
rGenomeTracks (41)
rgenoud (1)
rgeos (13)
rgexf (1)
Rgin (5)
rgl (3)
Rglpk (2)
RGMQL (34)
RgnTX (37)
RgoogleMaps (6)
rgoslin (66)
RGraph2js (44)
Rgraphviz (9695)
rgraphviz (1)
rGREAT (631)
RGSEA (59)
rgsepd (45)
rhandsontable (2)
rhdf5 (19561)
Rhdf5 (1)
rhdf5client (123)
rhdf5filters (18831)
Rhdf5lib (22376)
rhino (6)
Rhisat2 (207)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (23355)
rhub (2)
rHVDM (5)
rhvdm (0)
RiboCrypt (41)
RiboDiPA (46)
RiboProfiling (70)
ribor (42)
riboSeq (0)
riboSeqR (34)
ribosomeProfilingQC (64)
rice (1)
RIdeogram (1)
ridigbio (1)
rifi (34)
rifiComparative (30)
RImmPort (48)
Ringo (356)
RInside (0)
Rintact (2)
rintrojs (2)
rio (7)
RIPAT (29)
RIPSeeker (18)
Risa (52)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITAN (53)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (42)
riverplot (1)
rj (0)
rj.gd (0)
rjags (2)
rJava (32)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (44)
rjson (18)
rjsoncons (1)
RJSONIO (11)
Rlab (1)
Rlabkey (1)
rlang (319)
rlaR (1)
RLassoCox (53)
rle (0)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (1)
rlistings (1)
RLMM (50)
RLRsim (1)
RLSeq (37)
rly (0)
RMAGEML (3)
Rmagic (1)
Rmagpie (43)
RMAPPER (3)
rmapshaper (1)
RMariaDB (5)
rmarkdown (253)
RMassBank (87)
rMAT (6)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmelting (65)
rmeta (1)
rminer (1)
rmio (1)
RmiR (8)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmmquant (42)
Rmpfr (10)
Rmpi (1)
rms (3)
rmsb (1)
rmspc (49)
RMTstat (1)
rmutil (0)
rMVP (1)
RMySQL (3)
RNAAgeCalc (65)
RNAdecay (38)
rnaEditr (42)
RNAi (1)
RNAinteract (65)
RNAither (7)
RNAmodR (97)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (48)
RNAmodR.Data (1)
RNAmodR.ML (40)
RNAmodR.RiboMethSeq (44)
RNAprobR (4)
RNAsense (38)
rnaseqcomp (61)
RNAseqCovarImpute (16)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (7)
RNASeqPower (132)
RNASeqR (10)
RnaSeqSampleSize (87)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (261)
RnBeads.hg19 (3)
RnBeads.hg38 (3)
RnBeads.mm10 (3)
RnBeads.mm9 (3)
RnBeads.rn5 (3)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
Rnits (39)
RNOmni (1)
roar (48)
roastgsa (17)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (8)
robustbase (20)
robustlmm (1)
ROC (1033)
ROCpAI (38)
ROCR (2)
RODBC (2)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (43)
Roleswitch (6)
roleswitch (1)
Rolexa (5)
roll (1)
rols (401)
roma (1)
ROntoTools (186)
Rook (1)
rootSolve (13)
ropls (1138)
roptim (0)
ROracle (1)
ROSE (1)
ROSeq (40)
rosettR (1)
rotl (1)
ROTS (196)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (96)
RPA (79)
rpact (1)
rpart (82)
rpart.plot (1)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (6)
RPostgres (17)
RPostgreSQL (2)
RPresto (1)
rprimer (64)
rprintf (1)
rprojroot (151)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (2514)
rpsftm (1)
RpsiXML (11)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
rpx (242)
Rqc (268)
rqt (50)
rqubic (71)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (12)
rRDP (57)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (100)
RRPP (1)
rrsq (1)
rrvgo (430)
rsample (14)
Rsamtools (22388)
rsamtools (0)
rsatscan (1)
rsbml (137)
RSclient (1)
rsconnect (74)
rScudo (46)
RSEIS (6)
RSelenium (1)
rsemmed (46)
RSeqAn (85)
Rserve (1)
rSFFreader (5)
RSiena (1)
rslurm (1)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
RSNPper (2)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
RSpectra (4)
rspm (1)
RSQLite (165)
Rssa (0)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (0)
rstan (9)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (9)
rstatix (17)
rstpm2 (1)
rstudio (1)
rstudioapi (141)
Rsubread (2247)
rsvd (9)
rsvg (3)
RSVSim (52)
rSWeeP (46)
Rsymphony (1)
rtables (1)
rTANDEM (9)
RTCA (48)
RTCGA (563)
RTCGAToolbox (582)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (149)
RTNduals (76)
RTNsurvival (59)
RTools4TB (2)
RTopper (44)
Rtpca (41)
rtracklayer (20598)
Rtreemix (46)
rTRM (126)
rTRMui (49)
Rtsne (14)
Rttf2pt1 (2)
rtweet (7)
rubasic (1)
Ruchardet (1)
rugarch (2)
runibic (72)
RUnit (4)
runjags (1)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
rusinglecell (1)
Ruuid (4)
ruv (1)
RUVcorr (51)
RUVnormalize (61)
RUVSeq (906)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (1)
RVenn (0)
rversions (53)
rvertnet (1)
rvest (42)
rvg (1)
Rvisdiff (18)
Rvmmin (1)
RVS (42)
RVtests (1)
Rwave (6)
RWebServices (3)
RWiener (1)
rWikiPathways (384)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (59)
S4Arrays (30534)
S4Vectors (53516)
s4vectors (1)
S4vectors (1)
saemix (1)
safe (587)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (0)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (40)
SAGx (11)
SAIGEgds (57)
samExploreR (5)
sampleClassifier (48)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (5)
SamSPECTRAL (133)
sandwich (7)
sangeranalyseR (172)
sangerseqR (856)
SANTA (59)
sapFinder (6)
saps (2)
SARC (19)
sarks (38)
sas7bdat (1)
saseR (3)
SASmixed (1)
sass (200)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (1)
satuRn (239)
savR (34)
SBGNview (154)
SBGNview.data (1)
sbgr (2)
SBMLR (62)
SC3 (401)
sc3 (0)
scagnostics (1)
Scale4C (42)
ScaledMatrix (11514)
scales (81)
scAlign (16)
scalreg (1)
scam (1)
SCAN.UPC (123)
scanMiR (66)
scanMiRApp (49)
scAnnotatR (121)
SCANVIS (57)
SCArray (69)
SCArray.sat (38)
SCATE (83)
scater (6577)
scatterD3 (1)
scatterHatch (43)
scattermore (21)
scatterpie (10)
scatterplot3d (54)
scBFA (48)
SCBN (78)
scBubbletree (42)
scCB2 (45)
scClassifR (3)
scClassify (78)
scclusteval (1)
sccomp (84)
sccore (1)
sccs (1)
scCustomize (1)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
scDataviz (71)
scDblFinder (1285)
ScDblFinder (1)
scDC (1)
scDD (133)
scDDboost (39)
scde (331)
scDesign3 (27)
scds (472)
SCENIC (1)
sceptre (1)
SCFA (41)
scFeatureFilter (51)
scFeatures (54)
scfind (4)
scGate (1)
scGPS (50)
scGSVA (1)
schex (216)
schoolmath (1)
scHOT (62)
scico (1)
scidb (1)
scider (20)
scifer (44)
Scillus (1)
ScISI (12)
scistreer (7)
scLinear (1)
scMAGeCK (16)
scmap (263)
scMerge (467)
scMET (45)
scmeth (58)
scMitoMut (1)
SCnorm (87)
scone (94)
Sconify (45)
SCOPE (52)
SCopeLoomR (1)
scoreInvHap (43)
scoringRules (1)
scp (120)
SCP (1)
scPCA (80)
scPipe (125)
scplot (1)
scran (4541)
scReClassify (41)
scRecover (53)
screenCounter (33)
ScreenR (36)
scRepertoire (358)
scrime (5)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (0)
scRNAseqApp (51)
scruff (59)
scry (215)
scrypt (4)
scs (1)
scShapes (40)
scsR (5)
scTensor (113)
scTGIF (130)
scTHI (39)
SCtools (1)
sctransform (16)
scTreeViz (41)
scuttle (9559)
scviewer (1)
scviR (40)
sda (1)
SDAMS (47)
SDMTools (1)
sdtmchecks (1)
sechm (145)
secretbase (1)
secrets (1)
see (1)
seewave (0)
segmented (9)
segmenter (45)
segmentSeq (42)
selectKSigs (39)
selectr (1)
SELEX (47)
sem (0)
SemDist (44)
semEff (1)
semisup (46)
SemSim (2)
semsim (1)
semTools (1)
sen2r (1)
sendmailR (2)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (4)
SEPIRA (25)
seq.hotSPOT (32)
seq2pathway (107)
seqArchR (73)
seqArchRplus (37)
SeqArray (843)
seqArray (1)
seqbias (70)
seqCAT (43)
seqCNA (50)
seqcombo (52)
SeqGate (36)
SeqGSEA (122)
seqinr (6)
seqLogo (3275)
seqlogo (0)
seqmagick (1)
seqminer (9)
Seqnames (0)
seqPattern (617)
seqplots (8)
seqsetvis (56)
SeqSQC (81)
seqTools (116)
sequenza (1)
SeqVarTools (427)
seriation (18)
servr (3)
sesame (640)
sesameData (1)
sessioninfo (40)
set6 (1)
SEtools (122)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
seurat (1)
Seurat (35)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (26)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (56)
sevenC (44)
sf (65)
sfheaders (12)
sfsmisc (3)
sftime (1)
SGCP (96)
sgeostat (1)
SGP (1)
SGSeq (294)
shadowtext (12)
shape (19)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (1)
SharedObject (131)
ShatterSeek (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (176)
shiny.gosling (3)
shiny.react (0)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (1)
shinyalert (1)
shinyauth (1)
shinyBS (8)
shinybusy (8)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (7)
shinydisconnect (1)
shinyEffects (1)
shinyepico (54)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (11)
shinyglide (1)
shinyhelper (5)
ShinyItemAnalysis (27)
shinyjqui (1)
shinyjs (4)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (2)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (90)
shinyMobile (1)
shinypanel (7)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinyTANDEM (6)
shinytest (2)
shinytest2 (3)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (2)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (51)
shinyWidgets (73)
ShortRead (6113)
shortread (0)
showimage (1)
showtext (2)
showtextdb (1)
SIAMCAT (105)
SICtools (39)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (7)
SigCheck (46)
sigclust (1)
sigFeature (191)
Sigfried (1)
SigFuge (44)
siggenes (3127)
sights (47)
Signac (10)
signac (1)
signal (1)
signature.tools.lib (0)
signature.tools.lib.back (0)
signature.tools.lib.v2.1 (0)
signature.tools.lib.v2.1.2 (0)
signatureSearch (198)
signeR (64)
signet (4)
signifinder (52)
SignifReg (0)
sigPathway (35)
sigpathway (0)
SigsPack (42)
sigsquared (42)
SIM (46)
SIMAT (45)
SimBindProfiles (46)
SimBu (53)
SimComp (1)
SIMD (40)
SimDesign (1)
simex (1)
SimFFPE (43)
similaRpeak (59)
SimInf (1)
SIMLR (248)
simona (32)
simpar (1)
simPIC (1)
simpleaffy (97)
simplermarkdown (1)
simpleSeg (61)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (670)
simputation (1)
simr (1)
SimSeq (0)
simsurv (1)
simulatorAPMS (2)
simulatorZ (5)
sincell (57)
single (43)
SingleCellExperiment (14387)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellSignalR (243)
singleCellTK (224)
SingleMoleculeFootprinting (40)
SingleR (3733)
singleR (1)
SingleRBook (3)
singscore (1229)
SiPSiC (39)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
SISPA (31)
sitadela (42)
sitePath (48)
sitmo (8)
sizepower (58)
SJava (3)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (8)
sketchR (1)
SkewHyperbolic (1)
skewr (34)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (0)
slalom (99)
slam (3)
SLGI (7)
slickR (0)
slider (13)
slingshot (1374)
slinky (4)
sloop (1)
SLqPCR (57)
sm (1)
smacof (1)
SMAD (49)
SMAP (47)
smartdata (0)
SmartEDA (1)
smartid (0)
smcfcs (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (53)
smldesign (1)
smooth (1)
smoothclust (0)
smoother (0)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (7)
sn (10)
sna (2)
SNAData (2)
SNAGEE (52)
snakecase (17)
SnapATAC (1)
snapCGH (90)
snapcount (52)
snifter (127)
snm (164)
snow (10)
SnowballC (3)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPchip (13)
SNPediaR (43)
SNPhood (47)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
snpMatrix (8)
snpmatrix (1)
SNPRelate (1571)
snpStats (2200)
SOAR (0)
sodium (11)
softImpute (1)
soGGi (303)
soilDB (1)
sojourner (10)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (0)
SomatiCA (4)
SomaticSignatures (162)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (51)
sortable (5)
sos (1)
soundecology (0)
SoupX (1)
sourcetools (45)
sp (74)
spacefillr (1)
SpaceMarkers (0)
SpacePAC (74)
spacetime (1)
SPACox (0)
spacrt (1)
spade (7)
spam (4)
spam64 (1)
spaMM (1)
Spaniel (68)
sparkline (1)
sparklyr (9)
SPARQL (1)
sparrow (119)
SparseArray (16981)
sparsebn (1)
sparseDOSSA (42)
SparseGrid (1)
SparseM (2)
sparseMatrixStats (14907)
sparsenetgls (48)
sparsepca (1)
SparseSignatures (50)
sparsesvd (16)
spaSim (49)
spatial (30)
SpatialCPie (69)
spatialDE (95)
SpatialDecon (169)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (1393)
SpatialFeatureExperiment (138)
spatialHeatmap (141)
SpatialOmicsOverlay (52)
spatialreg (1)
spatstat (2)
spatstat.core (10)
spatstat.data (16)
spatstat.explore (18)
spatstat.geom (26)
spatstat.linnet (2)
spatstat.model (1)
spatstat.random (25)
spatstat.sparse (18)
spatstat.utils (18)
spatsurv (1)
spatzie (40)
spd (1)
spData (8)
spdep (2)
spec (1)
speckle (124)
specL (57)
SpeCond (61)
spectacles (1)
Spectra (1296)
SpectralTAD (80)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (2)
SPEM (61)
spgs (1)
SPIA (621)
SPIAT (93)
spicyR (166)
SpidermiR (83)
spikeLI (43)
spiky (41)
spillR (3)
spkTools (40)
splancs (6)
splatter (426)
splicegear (5)
spliceR (8)
spliceSites (6)
SpliceWiz (73)
SplicingFactory (38)
SplicingGraphs (79)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (64)
SPLINTER (46)
splitTools (1)
splots (188)
spls (1)
splus2R (2)
spocc (1)
SPONGE (62)
spoon (1)
SpotClean (81)
SPOTlight (204)
spotSegmentation (5)
SPP (1)
spqn (46)
spsComps (1)
SPsimSeq (127)
SQLDataFrame (40)
sqldf (1)
SQUADD (46)
SQUAREM (1)
sRACIPE (56)
SRAdb (367)
sRAP (7)
SRGnet (4)
srnadiff (36)
sROC (0)
ssanv (1)
sscore (28)
sscu (42)
sSeq (159)
ssh (1)
ssh.utils (0)
ssize (85)
sSNAPPY (103)
SSPA (59)
ssPATHS (37)
ssrch (79)
ssviz (51)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (180)
stam (2)
STAN (14)
standR (98)
StanHeaders (10)
staRank (46)
StarBioTrek (50)
stargazer (1)
Starr (6)
stars (2)
starter (1)
startup (5)
startupmsg (0)
STATegRa (50)
Statial (55)
statmod (3)
statnet (1)
statnet.common (2)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (2)
statTarget (90)
STdeconvolve (113)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stepNorm (41)
stepwiseCM (4)
stevedore (1)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (50)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (44)
Streamer (47)
strex (1)
string (1)
STRINGdb (1061)
stringdist (16)
stringfish (5)
stringi (166)
stringr (164)
striprtf (1)
STROMA4 (30)
strucchange (1)
struct (141)
Structstrings (136)
structToolbox (97)
StructuralVariantAnnotation (193)
structuralvariantannotation (1)
styler (61)
SubCellBarCode (45)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (62)
SUITOR (37)
SummarizedBenchmark (48)
SummarizedExperiment (36971)
summarizedExperiment (1)
summarytools (1)
Summix (42)
sunburstR (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (44)
SuppDists (1)
supraHex (436)
surfaltr (44)
SurfR (1)
survcomp (1023)
survex (1)
survey (2)
survival (141)
survivalROC (1)
survminer (2)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
survtype (47)
Sushi (64)
susieR (16)
sva (6905)
svaNUMT (49)
SVAPLSseq (4)
svaRetro (48)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (22)
svGUI (1)
SVM2CRM (4)
SVMDO (94)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
SWATH2stats (54)
SwathXtend (62)
swfdr (55)
Swiffer (1)
SwimR (4)
swirl (1)
switchBox (117)
switchde (50)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (1)
synapser (1)
synapsis (38)
synapter (76)
synbreed (1)
synergyfinder (180)
SynExtend (47)
synlet (42)
SynMut (41)
syntenet (110)
Synth (1)
sys (164)
sysfonts (1)
systemfit (1)
systemfonts (129)
systemPipeR (1155)
systempiper (1)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (58)
systemPipeTools (49)
syuzhet (1)

T

table1 (1)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
tadar (22)
TADCompare (76)
TailRank (3)
tanggle (57)
TAPseq (51)
tarchetypes (5)
target (42)
TargetDecoy (38)
targets (6)
TargetScore (58)
TargetSearch (65)
targetsearch (0)
TarSeqQC (12)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBSignatureProfiler (55)
TCC (172)
TCGAbiolinks (3295)
TCGAbiolinksGUI (27)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (838)
tcltk (1)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TCseq (138)
TDARACNE (10)
TDbasedUFE (66)
TDbasedUFEadv (49)
TeachingDemos (1)
teal (1)
teal.code (1)
teal.data (1)
teal.logger (0)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.reporter (0)
teal.slice (1)
teal.widgets (1)
TEKRABber (101)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (5)
tensorflow (16)
TENxIO (45)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (48)
TEQC (55)
tergm (1)
tern (1)
tern.gee (0)
tern.mmrm (0)
ternarynet (44)
terra (65)
terraTCGAdata (42)
tesseract (1)
testit (1)
testthat (256)
texreg (2)
text2vec (1)
textshaping (63)
TFARM (39)
tfautograph (1)
TFBSTools (2921)
tfbstools (0)
tfdatasets (1)
TFEA.ChIP (60)
TFHAZ (39)
TFisher (1)
TFMPvalue (8)
tfrmt (1)
tfruns (11)
TFutils (72)
tgp (1)
tgxWebservices (1)
TH.data (35)
thematic (4)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibble (157)
tictoc (3)
tidybayes (1)
tidybulk (187)
tidycensus (24)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidyCoverage (2)
tidydr (1)
tidygraph (20)
tidyHeatmap (1)
tidyjson (0)
tidylog (1)
tidymodels (10)
tidyomics (1)
tidyposterior (1)
tidypredict (0)
tidyr (100)
tidyrules (1)
tidyselect (41)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (180)
tidySpatialExperiment (2)
tidySummarizedExperiment (316)
tidyterra (1)
tidytext (2)
tidytlg (1)
tidytree (36)
tidyTree (1)
tidyverse (15)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (2)
tigre (50)
tigris (21)
tikzDevice (1)
tiledb (0)
TileDBArray (43)
tilingArray (117)
timechange (56)
timecourse (60)
timeDate (24)
timeOmics (64)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (76)
timeSeries (4)
TimeSeriesExperiment (7)
timetk (2)
TimiRGeN (58)
Timma (1)
TIN (44)
TINC (0)
tinkr (1)
tinysnapshot (1)
tinytest (1)
tinytex (245)
tippy (1)
tis (1)
TissueEnrich (156)
TitanCNA (67)
titanic (1)
tkrgl (0)
tkrplot (1)
tkWidgets (1217)
tkwidgets (0)
TLMoments (1)
tLOH (40)
tm (1)
tmap (1)
TMB (32)
TMixClust (56)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (50)
TNO (1)
TnT (42)
TOAST (353)
toastui (1)
tofsims (5)
tokenizers (2)
tokupika (1)
tolerance (1)
tomoda (37)
tomoseqr (38)
tools (1)
toOrdinal (1)
TOP (35)
ToPASeq (6)
topconfects (170)
topdownr (62)
topGO (2977)
topgo (0)
topicmodels (0)
torch (1)
tornado (1)
ToxicoGx (53)
Tplyr (1)
TPP (83)
TPP2D (45)
tpSVG (1)
tracee (1)
tracktables (112)
trackViewer (433)
trackviewer (1)
tradeSeq (473)
tradeseq (1)
TrajectoryGeometry (43)
TrajectoryUtils (1741)
tram (1)
TraMineR (0)
transcriptogramer (55)
transcriptR (56)
transformGamPoi (60)
transformr (1)
transite (48)
translations (1)
tRanslatome (107)
transmogR (1)
transomics2cytoscape (42)
transport (1)
TransView (44)
TraRe (8)
traseR (43)
Travel (5)
traviz (50)
tree (1)
TreeAndLeaf (120)
treeclimbR (1)
treeio (19150)
treekoR (45)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1413)
TREG (44)
trena (39)
TReNA (1)
Trendy (53)
TRESS (89)
triangle (1)
tricycle (196)
triebeard (3)
triform (7)
trigger (46)
trimcluster (0)
trio (82)
tripack (1)
triplex (46)
tripr (50)
tRNA (124)
tRNAdbImport (98)
tRNAscanImport (66)
TRONCO (63)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (4)
truncreg (1)
trust (0)
TSAR (15)
TSCAN (571)
tscR (24)
tseries (4)
tseriesChaos (0)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsna (0)
tsne (1)
tsoutliers (1)
TSP (17)
tspair (8)
TSRchitect (7)
TSSi (6)
ttdo (0)
ttgsea (83)
TTMap (39)
TTR (3)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (10)
tuneR (0)
TurboNorm (46)
TVTB (50)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseq (121)
tweedie (1)
tweenr (10)
twilight (101)
twoddpcr (45)
TwoSampleMR (0)
twosamples (1)
txcutr (39)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (5)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (0)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (5)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (1)
txdbmaker (22)
tximeta (1132)
tximport (3314)
tximportDat (1)
tximportData (1)
TxRegInfra (5)
txtq (1)
TypeInfo (46)
tzdb (81)

U

uatools (1)
UCell (1133)
uchardet (1)
ucminf (2)
UCSC.utils (0)
udunits2 (1)
ufs (1)
Ularcirc (51)
umap (9)
UMI4Cats (50)
unbalanced (0)
uncoverappLib (46)
UNDO (64)
unifiedWMWqPCR (46)
UniProt.ws (397)
uniqueAtomMat (0)
Uniquorn (45)
unitizer (1)
units (63)
universalmotif (451)
unmarked (1)
updateObject (40)
UpSetR (1)
urca (2)
urlchecker (1)
urltools (1)
uroot (0)
usdm (1)
useful (1)
usethis (96)
usmap (1)
usmapdata (1)
uSORT (39)
UTAR (0)
utf8 (211)
utils (1)
utilsRmd (1)
utilsStuff (0)
uuid (103)
uwot (28)

V

V.PhyloMaker2 (1)
V8 (18)
VAExprs (40)
validate (1)
VAM (1)
VanillaICE (160)
vaplot (1)
vapour (0)
VarCon (41)
variables (1)
variancePartition (857)
VariantAnnotation (9150)
variantannotation (0)
VariantExperiment (47)
VariantFiltering (66)
VariantTools (150)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vasp (3)
VaSP (46)
vaultr (1)
vbmp (68)
VBsparsePCA (1)
vcd (2)
VCFArray (49)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (317)
vdbR (1)
vdiffr (2)
VDJdive (43)
Vega (4)
VegaMC (45)
vegan (4)
vegawidget (1)
velociraptor (108)
velocyto.R (1)
veloviz (50)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (8)
VennDetail (207)
VennDiagram (1)
venneuler (1)
VERSO (48)
VGAM (11)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIBER (0)
vidger (95)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (0)
vip (1)
viper (687)
vipor (8)
viridis (118)
viridisLite (112)
viridislite (0)
virtualArray (5)
visdat (1)
ViSEAGO (116)
VisiumIO (2)
visNetwork (3)
visR (1)
vissE (93)
vistime (31)
vitae (1)
Voyager (89)
vpc (1)
VplotR (55)
vroom (149)
vscDebugger (1)
vsclust (46)
vsn (5071)
vtpnet (57)
vulcan (52)

W

waddR (50)
waffle (1)
waiter (10)
wakefield (1)
waldo (161)
warp (8)
wateRmelon (728)
wavClusteR (52)
waveslim (0)
waveTiling (8)
wdm (1)
wdman (1)
weaver (56)
webbioc (50)
webchem (1)
webdriver (1)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (25)
webshot2 (2)
websocket (1)
webutils (1)
WeightIt (1)
weights (2)
WeightSVM (0)
weitrix (44)
WES.1KG.WUGSC (1)
wesanderson (1)
WGCNA (11)
WGScan (1)
WGSmapp (0)
whereami (0)
whisker (76)
whitening (1)
whoami (1)
widgetInvoke (2)
widgetTools (1226)
widgettools (0)
wiggleplotr (158)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (207)
wk (76)
wmtsa (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (9)
workflowsets (9)
WorldFlora (1)
worrms (1)
wpm (48)
wppi (42)
wrapr (0)
Wrench (1560)
writexl (9)
WriteXLS (1)
wrMisc (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
XBSeq (5)
XCIR (3)
xcms (1713)
xcore (45)
XDE (47)
xdg-utils (0)
Xeva (48)
xfun (315)
xgboost (37)
xgxr (1)
XIFF (1)
XINA (40)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (49)
xmapcore (3)
XML (78)
xml2 (193)
xmlparsedata (1)
XNAString (44)
xopen (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xps (8)
xrf (1)
xslt (1)
xtable (2)
xts (10)
XVector (46166)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (143)
yamss (52)
YAPSA (67)
yaqcaffy (7)
yardstick (13)
yarn (126)
ylab.utils (1)
ymlthis (0)
yspec (1)
yulab.utils (40)

Z

zCompositions (8)
zeallot (1)
zellkonverter (996)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (125)
zFPKM (103)
zinbwave (845)
zip (154)
Ziploc (1)
zli (1)
zlibbioc (47963)
zoo (26)
ZygosityPredictor (34)