E` possibile usare direttamente pybliographer per inserire riferimenti bibliografici dentro LyX. Per far ciò, bisogna prima avviare LyX server. Nel file di configurazione ~/.lyx/lyxrc, aggiungi la linea seguente prima di avviare LyX:
\serverpipe "~/.lyx/lyxpipe"
Poi, in pybliographic, è possibile selezionare una voce e inserire un riferimento dentro LyX in esecuzione semplicemente cliccando il bottone Inserisce, o selezionando la voce del menu Formato->Inserisce in LyX.
Per il momento, è lavoro dell'utente assicurarsi che inserisca le voci corrispondenti al database attualmente usato. pybliographic non tratta l'intero lavoro di generazione bibliografica, così che è necessario usare bibtex come descritto nella documentazione di LyX.